بیان افتراقی ژن گاوهای بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) با استفاده از داده های RNA-Seq
Publish place: IRANIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE، Vol: 50، Issue: 1
Publish Year: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 541
This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJAS-50-1_005
تاریخ نمایه سازی: 6 خرداد 1399
Abstract:
این پژوهش با هدف تعیین مقایسه افتراقی پروفایل بیان ژن در دو زیرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم نمونهای از هریک از جمعیتهای گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکانیابی خوانشهای کوتاه mRNA تشکیل شد. این خوانشها قبلا با استفاده از فناوری توالییابی نسل جدید به صورت دادههای RNA-Seq تولید شده بودند. نتایج آنالیز بیان افتراقی نشان داد از مجموع 24616 ژن و 26716 رونوشت شناخته شده بر روی ژنوم مرجع گاو، 41 ژن بین این دو زیرگونه بیان متفاوت داشتند (000015/0 p<). بالاترین شاخص بیان دیجیتال مربوط به یک ژن میتوکندریایی (ENSBTAG00000043545) بودکه تنها در جمعیت کلیستانی بیان شد. یکی از ژنهای متفاوت بیانشده (ENSBTAG00000014332) دارای دو ایزوفرم متفاوت بیان شده بود. آنالیز ماهیت و مسیر ژنهای متفاوت بیان شده نشان داد که آنها در 20 مسیر بهویژه مسیرهای مرتبط با ایمنی، پاسخ به تنش و تشکیل رگهای خونی جدید درگیر بودند. یعنی مسیرهایی که در طول زمان سازگاری دو زیرگونه مورد مطالعه با اقلیمهای خاص و بروز تفاوتهای فنوتیپی بارز برای این صفات را بین آنها موجب شدهاند.
Keywords:
Authors
مینا سلیم پور
دانشجوی سابق کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
سید رضا میرائی آشتیانی
استاد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
محمد حسین بنابازی
استادیار پژوهشی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :