مینا سلیم پور - دانشجوی سابق کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
سید رضا میرائی آشتیانی - استاد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
محمد حسین بنابازی - استادیار پژوهشی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران

این پژوهش با هدف تعیین مقایسه افتراقی پروفایل بیان ژن در دو زیرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم نمونه­ای از هریک از جمعیت­های گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکان­یابی خوانش­های کوتاه mRNA تشکیل شد. این خوانش­ها قبلا با استفاده از فناوری توالی­یابی نسل جدید به صورت داده­های RNA-Seq تولید شده بودند. نتایج آنالیز بیان افتراقی نشان داد از مجموع 24616 ژن و 26716 رونوشت شناخته شده بر روی ژنوم مرجع گاو، 41 ژن بین این دو زیرگونه  بیان  متفاوت داشتند (000015/0 p<). بالاترین شاخص بیان دیجیتال مربوط به یک ژن میتوکندریایی (ENSBTAG00000043545) بودکه تنها در جمعیت کلیستانی بیان شد. یکی از ژن­های متفاوت بیان­شده (ENSBTAG00000014332) دارای دو ایزوفرم متفاوت بیان شده بود. آنالیز ماهیت و مسیر ژن­های متفاوت بیان شده نشان داد که آنها در 20 مسیر به­ویژه مسیر­های مرتبط با ایمنی، پاسخ به تنش و تشکیل رگ­های خونی جدید درگیر بودند. یعنی مسیرهایی که در طول زمان سازگاری دو زیرگونه مورد مطالعه با اقلیم­های خاص و بروز تفاوتهای فنوتیپی بارز برای این صفات را بین آن­ها موجب شده­اند.

ایمنی, ترانسکریپتوم, گاو, ماهیت ژن, mRNA