مدل سازی شبکه ژنی و کاوشگری در برخی از بافت های گونه گاو با استفاده از داده های ریزآرایه DNA
عنوان مقاله: مدل سازی شبکه ژنی و کاوشگری در برخی از بافت های گونه گاو با استفاده از داده های ریزآرایه DNA
شناسه ملی مقاله: JR_IJAS-49-2_012
منتشر شده در شماره 2 دوره 49 فصل در سال 1397
شناسه ملی مقاله: JR_IJAS-49-2_012
منتشر شده در شماره 2 دوره 49 فصل در سال 1397
مشخصات نویسندگان مقاله:
امین مرتضوی - دانشجوی دکتری، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
امیر رشیدی - استاد، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
مصطفی قادری- زفره ئی - استادیار زیست سامانه های محاسباتی، گروه علوم دامی دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران
پرهام مرادی - دانشیار رایانه، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
خلاصه مقاله:
امین مرتضوی - دانشجوی دکتری، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
امیر رشیدی - استاد، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
مصطفی قادری- زفره ئی - استادیار زیست سامانه های محاسباتی، گروه علوم دامی دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران
پرهام مرادی - دانشیار رایانه، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
هدف از این پژوهش، شناسایی ژن ها و کاوشگرهای هاب ناشی از ایجاد شبکه های بیزی در دادههای بیان ژن و کاوشگری در بافت های مختلف گونه گاو با استفاده از داده های ریزآرایه DNA بود. با استفاده از دادههای خام بیان ژن و کاوشگری در هر بافت، ژن ها و کاوشگرهایی که عامل بیشترین میزان واریانس بیان ژن بودند، شناسایی شده و سپس شبکه بیزی، برای آن ها برازش داده شد. ژنها و کاوشگرهای هاب با استفاده از نسبت فراسنجههای درجه درون و بیرون شناسایی شدند. اندازه پوشش مارکفی در شبکههای مختلف متفاوت بود که به احتمال بیانگر وجود زیرساختارهای ساختارشناختی (توپولوژیکی) برای شبکههای یادشده در بافتهای مختلف است. در روش شبکه ژن محور، در بافت ماهیچهCBR1 ،LOC788826 ، در بافت پستانیNID2 ، COL5A2، LOC616942،FXYD3 ، در بافت کبدی LOC100132279،MGC127133 ، MBOAT2،CLDN2 ، ANKRD1، در بافت رحم IGFBP1، DGAT2، CKMT1، ISG15، CKMT1 و در بافت تخمدانLOC286871 وINHBA به عنوان ژن های هاب شناسایی شدند. همچنین در روش ایجاد شبکه کاوشگر محور، مشخص شد که دو ژن JSP.1 و BOLA-DQB در بافتهای کبد و رحم فعال هستند. ولی این ژنها در روش ژن محور در ایجاد شبکه ژنی به عنوان ژن هاب استخراج نشدند.
کلمات کلیدی: توپولوژی, شبکه بیزی, هاب
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1015732/