ناشر تخصصی کنفرانس های ایران

لطفا کمی صبر نمایید

Publisher of Iranian Journals and Conference Proceedings

Please waite ..
Publisher of Iranian Journals and Conference Proceedings
Login |Register |Help |عضویت کتابخانه ها
Paper
Title

شناسایی تنوع ژنوم در مرغ مرندی با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم

Year: 1399
COI: JR_JOAGK-12-1_009
Language: PersianView: 158
This Paper With 16 Page And PDF Format Ready To Download

Buy and Download

با استفاده از پرداخت اینترنتی بسیار سریع و ساده می توانید اصل این Paper را که دارای 16 صفحه است به صورت فایل PDF در اختیار داشته باشید.
آدرس ایمیل خود را در کادر زیر وارد نمایید:

Authors

رسول اکبری - دانشگاه شهید باهنر کرمان
علی اسماعیلی زاده کشکوئیه - دانشگاه شهید باهنر کرمان
زینب امیری قنات سامان - دانش آموخته دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران و عضو انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان.
احمد آیت اللهی مهرجردی - بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان

Abstract:

هدف: ارزیابی و حفاظت از مرغان بومی به عنوان ذخایر ژنتیکی آینده ضروری است. در این تحقیق تنوع ژنومی چهار قطعه مرغ از نژاد مرندی با استفاده از تکنیک توالی­یابی کل ژنوم بررسی شد.  مواد و روش­ها: نمونه خون چهار قطعه مرغ بومی از استان آذربایجان شرقی گرفته شد. توالی­یابی کل ژنوم به صورت -End paired یا دو سویه توسط شرکت ایلومینا 2500Hiseq انجام شد. کیفیت داده­ها توسط برنامهFastQC  بررسی شد­ند. داده­ها به وسیله الگوریتم MEM به کار برده شده در برنامه BWA با ژنوم مرجع (Gallus_gallus-5.0/galGal5) همردیف شد­ند. چندریختی­های تک­نوکلئوتیدی (SNPs) و حذف و اضافه­های کوچک ژنوم با برنامه GATK شناسایی شد­ند. مستند­سازی چند­ریختی­های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه­های کوچک ژنوم با برنامه SnpEff انجام شد. تنوع ژنتیکی ژنوم چهار مرغ با برنامه VCFtools محاسبه شد. نتایج: درصد همردیفی توالی­های کوتاه با ژنوم مرجع بالای 99 درصد بود و میانگین عمق پوشش X7 بود. در این پژوهش 8679990 چند­ریختی تک نوکلئوتیدی و 911095 حذف و اضافه کوچک بدست آمد که بیشترین مقدار آن در نواحی اینترون و بین ژنی مشاهده شد. میانگین درصد هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار برای جایگاه­های چند­ریختی­های تک نوکلئوتیدی شناسایی شده  برای ژنوم چهار مرغ به ترتیب 33/0 و 35/0 بود.  نتیجه­گیری: نتایج مستند­سازی نشان داد که درصد چندریختی­های تک نوکلئوتیدی خاموش (64/74 درصد)  بیشتر از درصد چندریختی­های تک نوکلئوتیدی غیر­مترادف (بد معنی و بی معنی، 36/25 درصد) در ژنوم مرغ است. اطلاعات بدست آمده از این پژوهش، می­تواند برای برنامه­های اصلاح نژادی و حفاظتی و نیز بررسی­ های ساختار جمعیتی سودمند واقع شوند.

Keywords:

توالی یابی کل ژنوم, چند ریختی های تک نوکلئوتیدی, حذف و اضافه های کوچک, مرغ مرندی

Paper COI Code

This Paper COI Code is JR_JOAGK-12-1_009. Also You can use the following address to link to this article. This link is permanent and is used as an article registration confirmation in the Civilica reference:

https://civilica.com/doc/1033436/

How to Cite to This Paper:

If you want to refer to this Paper in your research work, you can simply use the following phrase in the resources section:
اکبری، رسول و اسماعیلی زاده کشکوئیه، علی و امیری قنات سامان، زینب و آیت اللهی مهرجردی، احمد،1399،شناسایی تنوع ژنوم در مرغ مرندی با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم،،،،،https://civilica.com/doc/1033436

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

  • اسکندری طاهره، اسمعیلی زاده کشکوئیه علی، اسدی فوزی مسعود (1397) ... [Journal Paper]
  • امیری قنات سامان زینب، اسمعیلی زاده کشکوئیه علی، اسدی فوزی ... [Journal Paper]
  • امیری قنات سامان زینب، اسمعیلی زاده کشکوئیه علی، اسدی فوزی ...
  • محمدی فر آمنه، فقیه ایمانی سید علی، محمد آبادی محمد ...
  • Abadi MRM, Askari N, Baghizadeh A, Esmailizadeh AK (2009) A ...
  • Amiri Ghanatsaman Z, Esmailizadeh Koshkoiyeh A, Asadi Fozi M (2016) ...
  • Amiri Ghanatsaman Z, Esmailizadeh Koshkoiyeh A, Asadi Fozi M (2019) ...
  • Asadollahpour Nanaei H, Dehghani Qanatqestani M, Esmailizadeh A (2020) Whole-genome ...
  • Bainbridge MN, Wang M, Wu Y et al. (2011) Targeted ...
  • Cingolani P, Platts A, Wang LL et al. (2012) A ...
  • Collins DW, Jukes TH (1994) Rates of transition and transversion ...
  • Da Silva JM, Giachetto PF, da Silva LOC et al. ...
  • Danecek P, Auton A, Abecasis G et al. (2011). The ...
  • Eskandari T, Esmailizadeh AK, Mohammadabadi MR, Sohrabi S (2018) Identification ...
  • Fulton JE (2012) Genomic selection for poultry breeding. Anim Front. ...
  • Gray IC, Campbell DA, Spurr NK (2000) Single nucleotide polymorphisms ...
  • Guo Y, Li J, Li CI et al. (2012) The ...
  • Hillel J, Granevitze Z, Twito T et al. (2007) Molecular ...
  • Karimi K, Strucken EM, Moghaddar N et al. (2016) Local and global ...
  • Kerstens HHD, Crooijmans RPMA, Veenendaal A et al. (2009) Large ...
  • Kijowski J, Niewiarowicz A (1978) Emulsifying properties of proteins and ...
  • Kilian B, Graner A (2012) NGS technologies for analyzing germplasm ...
  • Li D, Li Y, Li M et al. (2019) Population ...
  • Li G, Ma L, Song C et al. (2009) The ...
  • Li H, Durbin R (2009) Fast and accurate short read ...
  • Li H, Handsaker B, Wysoker A et al. (2009) The ...
  • Lin BZ, SasazaKi S, Mannen H (2018) Genetic diversity and ...
  • McKenna A, Hanna M, Banks E et al. (2010) The ...
  • Moazeni S, Mohammadabadi MR, Sadeghi M et al. (2016a) Association between ...
  • Moazeni SM, Mohammadabadi MR, Sadeghi M et al. (2016b) Association ...
  • Mohammadabadi MR, Nikbakhti M, Mirzaee HR et al. (2010) Genetic ...
  • Mohammadifar A, Faghih Imani SA, Mohammadabadi MR, Soflaei M (2014) ...
  • Mohammadifar A, Mohammadabadi MR )2017( The Effect of Uncoupling Protein Polymorphisms on ...
  • Nosrati M, Asadollahpour Nanaei H, Amiri Ghanatsaman Z, Esmailizadeh A ...
  • Ramos AM, Crooijmans RPMA, Affara NA et al. (2009) Design ...
  • Ryman N, Utter F, Laikre L (1995) Protection of intraspecific ...
  • Sawai H, Kim HL, Kuno K et al. (2010) The ...
  • Shahdadnejad N, Mohammadabadi MR, Shamsadini M (2016) Typing of Clostridium ...
  • Stothard P, Choi J-W, Basu U et al. (2011) Whole ...
  • Suh Y, Vijg J (2005) SNP discovery in associating genetic ...
  • You F, Huo N, Deal K et al. (2011) Annotation-based ...
  • Zandi E, Mohammadabadi MR, Ezzatkhah M, Esmailizadeh AK (2014) Typing ...
  • Research Info Management

    Certificate | Report | من نویسنده این مقاله هستم

    اطلاعات استنادی این Paper را به نرم افزارهای مدیریت اطلاعات علمی و استنادی ارسال نمایید و در تحقیقات خود از آن استفاده نمایید.

    Scientometrics

    The specifications of the publisher center of this Paper are as follows:
    Type of center: دانشگاه دولتی
    Paper count: 16,308
    In the scientometrics section of CIVILICA, you can see the scientific ranking of the Iranian academic and research centers based on the statistics of indexed articles.

    Share this page

    More information about COI

    COI stands for "CIVILICA Object Identifier". COI is the unique code assigned to articles of Iranian conferences and journals when indexing on the CIVILICA citation database.

    The COI is the national code of documents indexed in CIVILICA and is a unique and permanent code. it can always be cited and tracked and assumed as registration confirmation ID.

    Support