شناسایی تنوع ژنوم در مرغ مرندی با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم
Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 12، Issue: 1
Publish Year: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 471
This Paper With 16 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-12-1_009
تاریخ نمایه سازی: 5 مرداد 1399
Abstract:
هدف: ارزیابی و حفاظت از مرغان بومی به عنوان ذخایر ژنتیکی آینده ضروری است. در این تحقیق تنوع ژنومی چهار قطعه مرغ از نژاد مرندی با استفاده از تکنیک توالییابی کل ژنوم بررسی شد. مواد و روشها: نمونه خون چهار قطعه مرغ بومی از استان آذربایجان شرقی گرفته شد. توالییابی کل ژنوم به صورت -End paired یا دو سویه توسط شرکت ایلومینا 2500Hiseq انجام شد. کیفیت دادهها توسط برنامهFastQC بررسی شدند. دادهها به وسیله الگوریتم MEM به کار برده شده در برنامه BWA با ژنوم مرجع (Gallus_gallus-5.0/galGal5) همردیف شدند. چندریختیهای تکنوکلئوتیدی (SNPs) و حذف و اضافههای کوچک ژنوم با برنامه GATK شناسایی شدند. مستندسازی چندریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنوم با برنامه SnpEff انجام شد. تنوع ژنتیکی ژنوم چهار مرغ با برنامه VCFtools محاسبه شد. نتایج: درصد همردیفی توالیهای کوتاه با ژنوم مرجع بالای 99 درصد بود و میانگین عمق پوشش X7 بود. در این پژوهش 8679990 چندریختی تک نوکلئوتیدی و 911095 حذف و اضافه کوچک بدست آمد که بیشترین مقدار آن در نواحی اینترون و بین ژنی مشاهده شد. میانگین درصد هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار برای جایگاههای چندریختیهای تک نوکلئوتیدی شناسایی شده برای ژنوم چهار مرغ به ترتیب 33/0 و 35/0 بود. نتیجهگیری: نتایج مستندسازی نشان داد که درصد چندریختیهای تک نوکلئوتیدی خاموش (64/74 درصد) بیشتر از درصد چندریختیهای تک نوکلئوتیدی غیرمترادف (بد معنی و بی معنی، 36/25 درصد) در ژنوم مرغ است. اطلاعات بدست آمده از این پژوهش، میتواند برای برنامههای اصلاح نژادی و حفاظتی و نیز بررسی های ساختار جمعیتی سودمند واقع شوند.
Keywords:
Authors
رسول اکبری
دانشگاه شهید باهنر کرمان
علی اسماعیلی زاده کشکوئیه
دانشگاه شهید باهنر کرمان
زینب امیری قنات سامان
دانش آموخته دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران و عضو انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان.
احمد آیت اللهی مهرجردی
بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :