اجتماعات جلبکی خصوصاٌ فیتوپلانکتونها به صورت نشانگر های زیستی میتوانند ابزارهای مناسبی برای طبقه بندی و ارزیابی اکولوژیک محیط های آبی باشند. هدف از این تحقیق شناسایی گونه های جلبکی در رودخانه بهنشیر و استفاده از آنها جهت ارزیابی کیفی رودخانه می باشد  می باشد.  نمونه برداری فیتوپلانکتون ها  و همچنین ماکروجلبک های پریفیتونی در طی یک سال(شهریور 92 تا مرداد 93) به صورت ماهانه  از 6 ایستگاه مستقر در رودخانه بهمنشیر انجام گردید. در این بررسی از 109 گونه ریز جلبکی ( فیتوپلانکتونی) شناسایی شده، 87 گونه متعلق به شاخه  باسیلاریوفیتا بود. دیاتومه ها بیش از 90 % نمونه ها  را در کل سال به استثنا تیر و مرداد را به خود اختصاص دادند. شاخه سیانوفیتا در تیر ماه  19% و در  در مرداد ماه 37 % کل نمونه را شامل شد. در میان گونه های باسیلاریوفیتا گونه ی Coscinodiscus sp.  و سپس گونه ی Coscinodiscus oculus  در تمامی ماه ها  و عمدتاً در ایستگاه های دریایی مصب بهمن شیر یعنی ایستگاه  5 و 6 غالب بودند. گونه ی Oscillatoria sp از شاخه سیانوفیتها  نیز در ایستگاه های 1و 2(ایستگاه های آب شیرین) در تیر و مرداد93 دارای فراوانی نسبتاً زیادی بودند. شاخص های تنوع زیستی به صورت ماهانه و ایستگاهی سنجیده شد. بیشترین میانگین شاخص شانون در ایستگاه 6 ( ایستگاه مصبی) به میزان 37/1 بود.

همزمان  6 فاکتور محیطی شوری، هدایت الکتریکی، درجه حرارت، pH، اکسیژن محلول ،  فسفات و نیترات  در ایستگا های مورد نظر به صورت ماهانه مورد سنجش قرار گرفتند. بررسی ایستگاهی نتایج حاصل از تحلیل مولفه اصلی (PCA) نشان داد که در مولفه اصلی اول(  (PC1بین فراوانی کل، تعداد گونه ها، شاخص شانون ، شوری و فسفات،  بیشترین همبستگی و هم راستایی وجود دارد. نتایج این بررسی نشان داد که هیچگونه ماکرو جلبکی در مصب رودخانه بهمنشیر مشاهده نگردید. فقط تعداد کمی Spirogyra weberi آن هم به صورت پلانکتونیک مشاهده گردید. اما  در بررسی های میدانی حاشیه رودخانه بهمنشیر ، گونه ی Ruppia maritima که از  ماکروفیت های  آبزی است ، مشاهده شد.  در بررسی های نتایج حاصل از  شاخص ساپروبیک مشخص گردید که تمامی ایستگاهها به استثناء ایستگاه  6 (ایستگاه مصبی دریایی) از وضعیت آلفا مزو ساپروبیک برخوردار بودند که نشان دهنده بار آلودگی سنگین رودخانه ی بهمنشیر می باشد. همچنین نتایج شاخص جلبک نایگارد- پالمر در رودخانه ی بهمنشیر مشابه  نتایج شاخص ساپروبیک بود. حضور  جنس های جلبکی  مقاوم به آلودگی در ایستگاه های مختلف رودخانه بهمنشیر همانند Oscillatoria،  Navicula، Scenedesmus ، Nitzschia، Fragilaria ، Pediastrum ، Cymbella، Synedra، Gomphonema ،  Cyclotella ، Pinnularia،   Spirogyra نشان دهنده ی آلودگی آب رودخانه ی بهمنشیر  به مقادیر بسیار زیاد مواد آلی  است.