شناسایی In silico اعضای خانواده ژنی MYB در سورگوم (Sorghum bicolor)

امروزه مقاومت به تنشهای زیستی و غیرزیستی در گیاهان و به خصوص گیاهانی که غذای اصلی انسان را تامین می کنندبسیار مورد توجه قرار گرفته است. بررسی عوامل موثر بر این مقاومت ها میتواند کمک شایانی به فعالیتهای به نژادی کند.فاکتورهای رونویسی از جمله عوامل موثر بر مقاومت گیاهان به انواع تنش ها هستند. خانواده بزرگ ژنی 1MYB از جمله فاکتورهای رونویسی موجود در گیاهان هستند. این خانواده در تنظیم بسیاری از فعالیتهای گیاهان از جمله واکنش به تنش های محیطی نقش دارند. در گیاهان، ژنهای MYB به چهار گروه تقسیم شدهاند که شامل 1R-، R2R3-، 3R- و 4R-MYB میشوند. پروتئین های R2R3-MYB در فعالیت های منتوعی نقش دارند که یکی از آنها تنظیم پاسخ به تنشهای محیطی است. اعضای این خانواده با استفاده از پروتئین های گیاه آرابیدوپسیس (Arabidopsis thaliana) و به کمک BlastP، در سورگوم شناسایی، بوسیله HmmScan، وجود دمین MYB در آنها تایید و سپس با استفاده از ClustalW و MEGA7، درخت فیلوژنی رسم شد. در نهایت به ترتیب 130 و 209 پروتئین آرابیدوپسیس و سورگوم در 2 گروه و 23زیرگروه دسته بندی شده و روابط تکاملی و عملکرد بعضی پروتئینها پیشبینی شدند. لذا احتمالا وجود دو گروه به دلیل تفاوت در مسیر تکاملی گیاهان تک لپه و دو لپه و تفاوت در 23 زیرگروه به دلیل تفاوت در مسیر تکاملی اعضای خانواده ژنی باشد.

Keywords:

بیوانفورماتیک , تنش , درخت فیلوژنی , مقاومت.