بر اساس مطالعات انجام شده مهمترین چالش های حوزه حمل ونقل دریایی عبارتند از: ۱ . شفافیت و سرعت عملکرد، ۲ . مدیریت مخاطرات و شوک های بیرونی، ۳ . کارایی و بهره وری حمل ونقل دریایی، ۴ . نحوه خصوصی سازی و مقررات آن در حوزه حمل ونقل دریایی، ۵ . قیمت گذاری در بخش حمل ونقل دریایی و خدمات مرتبط با آن، ۶ . آلایندگی های زیست محیطی ناشی از حمل ونقل دریایی، ۷ . فقدان اطلاعات و آمار مستدل در حوزه حمل ونقل دریایی، ۸ . سرمایه گذاری و تامین مالی.