فصول مربوط به بخش آب در لایحه بودجه سال ۱۳۹۹ ، مشابه سایر بودجه های سنواتی، فصل منابع آب (از امور اقتصادی) و فصل آب و فاضلاب (از امور مسکن، عمران شهری و روستایی) است. مجموع اعتبارات فصول مذکور در لایحه معادل ۷۴،۳۶۱،۱۰۷ میلیون ریال است. در لایحه بودجه سال ۱۳۹۹ اعتبارات تملک دارایی های سرمایه ای فصل منابع آب و فصل آب و فاضلاب نسبت به رقم مصوب قانون بودجه سال ۱۳۹۸ به ترتیب معادل ۳ / ۴ و ۲ / ۳- درصد تغییر داشته اند. همچنین در این لایحه مبلغ  ۳۵۰ میلیون یورو از منابع صندوق توسعه ملی به طرح های بخش آب و آب و فاضلاب برای طرح های آبیاری تحت فشار و نوین (۱۵۰ میلیون یورو)، طرح های آبرسانی روستایی و عشایری و توسعه
شبکه های آن (۱۵۰ میلیون یورو) و پایداری و ارتقای کیفی آب شرب شهرهای پرتنش (۵۰ میلیون یورو) درنظر گرفته شده است. در لایحه بودجه سال ۱۳۹۹ اعتبارات مربوط به برنامه مهندسی رودخانه ها و سواحل، برنامه توسعه منابع آب در حوزه های آبریز رودخانه های مرزی و مشترک و همچنین خرید تضمینی آب استحصالی و پساب تصفیه شده از بخش غیردولتی (از محل پرداختی دولت به بخش آب (یارانه) به دلیل مابه التفاوت قیمت فروش و قیمت تمام شده آب) نسبتا افزایش چشمگیری داشته است. از نکات مهم و قابل توجه در لایحه بودجه سال ۱۳۹۹ مرتبط با بخش آب می توان به گام مثبت و قابل تایید در جهت برقراری مجدد حقالنظاره منابع آب زیرزمینی، لزوم توجه به اثربخشی طرح های آبیاری تحت فشار و نوین در صرفهجویی واقعی آب و همچنین حجم طرح های آبیاری تحت فشار معطل تامین آب در تخصیص اعتبارات مربوطه، لزوم شفافیت در عملکرد اعتبارات تخصیص یافته سال های قبل برای برنامه توسعه منابع آب در حوزه های آبریز رودخانه های مرزی و مشترک و همچنین لزوم تامین اعتبارات مطمئن و قابل حصول برای ابزارهای اندازه گیری و کنتورهای هوشمند در طرح های آبیاری تحت فشار و نوین اشاره کرد.