ژنوتایپینگ جدایه های استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه RAPD-PCR
Publish place: Biological Journal of Microorganisms، Vol: 8، Issue: 32
Publish Year: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 282
This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_BJM-8-32_012
تاریخ نمایه سازی: 19 اردیبهشت 1400
Abstract:
مقدمه: استرپتوکوکوس پیوژنز بیماریهای عفونی و غیرعفونی متنوعی را ایجاد میکند. تایپینگ جدایههای استرپتوکوکوس پیوژنز یکی از ابزارهای ضروری در مطالعات اپیدمیولوژی مربوط به این باکتری هستند. RAPD-PCR یک تکنیک تایپینگ بر اساس PCR و روشی سریع، ارزان، آسان است. مشکل اصلی این روش تکرارپذیری کم نتایج است که با بهینه سازی پروتکل RAPD حل خواهد شد.مواد و روشها: در این مطالعه بهینهسازی پروتکل RAPD-PCR شامل روش استخراج DNA، نوع پرایمر، غلظت ترکیبات PCR و برنامه PCR با استفاده از طراحی فاکتوریال آزمایشها برای استرپتوکوکوس پیوژنز ATCC ۱۹۶۱۵ به عنوان سویه استاندارد انجام شد. سپس ۱۶ جدایه استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه ژنوتایپ شدند. تایپپذیری، تکرارپذیری و قدرت افتراق پروتکل بهینه تعیین شد.نتایج: از سه روش استخراج DNA، روش ست بافر تغییر یافته و از هفت پرایمر، پرایمر P۱۴ انتخاب شدند. غلظتهای بهینه ترکیبات PCR، ۳ mM MgCl۲، ۱۵۰ pmol primer P۱۴، ۰.۲ mM dNTPs، ۱۰ ng template DNA و ۲ U Taq DNA polymerase بودند. برنامه بهینه PCR از دناتوراسیون اولیه min ۴ در C°۹۴ و ۴۵ چرخه شامل min ۱ در C°۹۴، min ۲ در ۳۱، min ۲ در C°۷۲ و min ۱۰ در C°۷۲ برای تکثیر پایانی تشکیل شد. استرپتوکوکوس پیوژنز ATCC ۱۹۶۱۵ و همه جدایههای استرپتوکوکوس پیوژنز با استفاده از پروتکل بهینه تایپپذیر بودند و نتایج RAP-PCR آنها تکرارپذیر بود. قدرت افتراق محاسبه شده بسیار مطلوب بود (DI = ۱). ۱۶ جدایه استرپتوکوکوس پیوژنز متعلق به ۱۶ سویه بودند که در سه کلاستر اصلی با سطح تشابه ۱۴ درصد طبقهبندی شدند.بحث و نتیجهگیری: با بهینهسازی صحیح شرایط RAPD-PCR، یک پروتکل مناسب و تکرارپذیر برای ژنوتایپینگ جدایههای استرپتوکوکوس پیوژنز به دست آمد. پروتکل بهینه به دست آمده در این پژوهش را میتوان برای انجام RAPD-PCR در مطالعات اپیدمیولوژی جدایههای استرپتوکوکوس پیوژنز استفاده نمود.
Keywords:
Authors
اکرم رحیمی مقدم
گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا، تهران ایران
سیاوش سلمانزاده-اهرابی
گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا، تهران، ایران
طاهره فلسفی
گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا، تهران، ایران
مهوش سیفعلی
گروه علوم گیاهی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا، تهران، ایران
زهرا پور رمضان
گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا، تهران، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :