تحلیل فیلوژنتیکی پروتئین HC-Pro جدایههای ایرانی ویروس موزاییک زرد لوبیا

Publish Year: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 179

This Paper With 17 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

شناسه ملی سند علمی:

JR_BJM-9-34_004

تاریخ نمایه سازی: 19 اردیبهشت 1400

Abstract:

مقدمه: ویروس موزاییک زرد لوبیا (Bean yellow mosaic virus)به جنس Potyvirus و خانواده Potyviridaeتعلقدارد و دارای پراکندگی جهانی گسترده و دامنه میزبانی وسیع است. در پژوهش حاضر، روابط فیلوژنتیکی ۸ جدایه این ویروس که در سالهای زراعی ۹۶ و ۹۷ از مناطق جغرافیایی مختلف ایران (آذربایجان شرقی، اردبیل، قزوین، زنجان، همدان، خوزستان، فارس و کرمان) از روی باقلا جدا شده بودند، در مقایسه با سایر جدایههای موجود در بانک ژن بررسی شدند. مواد و روشها: برگهای گیاهان دارای نشانههای ویروسی از مزارع باقلای نواحی مختلف ایران نمونهبرداری و به آزمایشگاه منتقل شدند. بهمنظور تشخیص نمونههای آلوده به ویروس موزاییک زرد لوبیا، ابتدا از آزمون داس الیزا و آنتیبادی اختصاصی ویروس استفاده شد؛ سپس RNA کل نمونههای آلوده استخراج و ناحیه HC-Proجدایههای انتخابی تکثیر و توالییابی شد. ارزیابی توالی، بررسی روابط فیلوژنتیکی، بررسی ساختار پروتئینی و همچنین شناسایی وقوع نوترکیبی در ناحیه HC جدایههای BYMV انتخابی با نرمافزارهای مختلف انجام شد. نتایج: در درخت فیلوژنتیکی رسمشده، جدایههای ایرانی در دو گروه مونوفیلتیک مجزا قرار گرفتند؛ بهطوریکه پنج جدایه آذربایجان شرقی، قزوین، زنجان، فارس و کرمان در کنار دو جدایه از استرالیا و ژاپن که همگی از روی باقلا جدا شده بودند، در یک گروه جای گرفتند و جدایههای اردبیل، همدان و خوزستان به همراه دو جدایه دیگر ایرانی موجود در بانک ژن، دو جدایه از هند و دو جدایه از ژاپن در گروه دیگر قرار گرفتند. بر اساس نتایج آزمون نوترکیبی، هیچکدام از جدایههای ایرانی جمعآوریشده در پژوهش حاضر، جدایه نوترکیب تشخیص داده نشدند. بحث و نتیجهگیری: درک تغییرات ژنتیکی و نوترکیبی جمعیت ویروسی پیشنیاز مهمی برای تشخیص کارآمد، مدیریت موثر و کنترل بیماری در درازمدت است. قطعا نتایج در توسعه راهکارهایی کاربرد دارند که به مقاومت در برابر BYMV منتج میشوند و چنانچه این بیماری در آینده همهگیر شود، میتوانند در راستای اتخاذ راهبردهای مدیریتی اثربخش باشند.

Authors

علی برادر

گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ولی عصر رفسنجان، ایران

احمد حسینی

گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ولی عصر رفسنجان، ایران

ثمین حسینی

گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ولی عصر رفسنجان، ایران

سمیه عبدانی بابکی

گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ولی عصر رفسنجان، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • (1) Kyrychenko AM., Antipov IO., Hrynchuk KV. Phylogenetic analysis of ...
  • (2) Luo H., Wylie SJ., Coutts B., Jones RA., Jones ...
  • (3) Bos L. Bean yellow mosaic virus. Descriptions of Plant ...
  • (4) Kaiser WJ., Mueller KE., Danesh D. An outbreak of ...
  • (5) Davoodi Z., Hosseini S., Hosseini A. Occurance and detection ...
  • (6) Baradar A., Hosseini A., Hosseini S., Abdani Babaki S. ...
  • (7) Rabiee S., Hosseini S., Hosseini A. Occurrence and distribution ...
  • (8) Dorrigiv R., Mehrvar M., Jafarpour B., Zakiaghl M. New ...
  • (9) Sharifi Nezamabad P., Koohi Habibi M., Dizadji A., Kalantari ...
  • (10) Al-Saleh MA., Al-Shahwan IM., Amer MA., Abdalla OA. Etiology ...
  • (11) Waltermann A., Maiss E. Detection of 6K1 as a ...
  • (12) Chung BY., Miller WA., Atkins JF., Firth AE. An ...
  • (13) Rajamäki ML., Mäki-Valkama T., Mäkinen K., Valkonen JP. 3 ...
  • (14) Ha C., Coombs S., Revill PA., Harding RM., Vu ...
  • (15) Plisson C., Drucker M., Blanc S., German-Retana S., Le ...
  • (16) Maia IG., Haenni AL., Bernardi F. Potyviral HC-Pro: a ...
  • (17) Urcuqui-Inchima, S. Potyvirus proteins: a wealth of functions. Virus ...
  • (18) Clark MF., Adams AN. Characteristics of the microplate method ...
  • (19) Nakazono-Nagaoka E., Sato C., Kosaka Y., Natsuaki T. Evaluation ...
  • (20) Katoh K., Standley DM. MAFFT multiple sequence alignment software ...
  • (21) Maddison WP., Maddison DR. Mesquite, a modular system for ...
  • (22) Crooks GE., Hon G., Chandonia JM., Brenner SE. WebLogo: ...
  • (23) Martin DP., Murrell B., Golden M., Khoosal A., Muhire ...
  • (24) Nguyen LT., Schmidt HA., Von Haeseler A., Minh BQ. ...
  • (25) Guo B., Lin J., Ye K. Structure of the ...
  • (26) Hasiów-Jaroszewska B., Fares MA., Elena SF. Molecular evolution of ...
  • (27) Dolja VV., Herndon KL., Pirone TP., Carrington JC. Spontaneous ...
  • (28) Flasinski S., Cassidy BG. Potyvirus aphid transmission requires helper ...
  • (29) Peng Y., Kadoury D., Gal-On A., Huet H., Wang ...
  • (30) Shiboleth YM., Haronsky E., Leibman D., Arazi T., Wassenegger ...
  • (31) Torres-Barceló C., Martín S., Daròs JA., Elena SF. From ...
  • (32) Carrington JC., Herndon KL. Characterization of the potyviral HC-Pro ...
  • (33) Cronin S., Verchot J., Haldeman-Cahill R., Schaad MC., Carrington ...
  • (34) Gutiérrez P., Mesa HJ., Marín MM. Genome sequence of ...
  • (35) Zhu F., Sun Y., Wang Y., Pan H., Wang ...
  • (36) Gibbs AJ., Ohshima K., Yasaka R., Mohammadi M., Gibbs ...
  • (37) Kehoe MA., Coutts BA., Buirchell BJ., Jones RA. Plant ...
  • (38) Wylie SJ., Coutts BA., Jones MG., Jones RA. Phylogenetic ...
  • (39) Yang Z., Rannala B. Molecular phylogenetics: Principles and practice. ...
  • (40) Balasubramanian V., Sukanya RS., Anuradha C., Selvarajan R. Population ...
  • نمایش کامل مراجع