مقایسه روش های FTIR و تحلیل توالی ژن ۱۶S rDNA در شناسایی و رده بندی باکتری های متیلوتروف

تحلیل توالی ۱۶S rDNA اگر چه روشی نسبتا دقیق و قابل اعتماد برای شناسایی و تاکسونومی باکتری هاست اما فرآیندی وقت گیر و پر هزینه است. به همین دلیل یافتن راه های جایگزین همواره مورد توجه پژوهشگران بوده است. یکی از روش های مطرح FTIR (Fourier Transform Infrared) است که روشی فیزیکو-شیمیایی است مبتنی بر اندازه گیری لرزش پیوندهای مولکولی یک ترکیب که به وسیله فرکانس مناسبی از پرتو مادون قرمز تحریک شده اند. در این پژوهش که به منظور بررسی کارآیی روش FTIR در شناسایی وتاکسونومی باکتری ها و مقایسه آن با روش تحلیل توالی ۱۶S rDNA بر روی باکتری های متیلوتروف (مهم ترین گروه تجزیه کننده مشتقات کلردار متان) صورت گرفت، از ۳۰ باکتری جداسازی شده هفت باکتری انتخاب و ابتدا از طریق تکثیر قسمتی از ژن ۱۶S rDNA و توالی یابی آن شناسایی شدند و با نرم افزار MEGA۵ درخت فیلوژنیک آنها ترسیم گردید. همچنین، با روش FTIR طیف عبور این باکتری ها در محدوده cm-۱۴۰۰۰-۴۰۰ به دست آمد. داده های حاصل از این روش با نرم افزار SPSS تحلیل شد که دندروگرام حاصل از آن شباهت زیادی (بیش از ۸۰ درصد) به دندروگرام به دست آمده از بررسی توالی ۱۶S rDNA داشت. نتایج نشان داد که FTIR روشی خوبی برای تمایز باکتری ها از یکدیگر است اما هنوز نمی تواند به تنهایی برای تاکسونومی استفاده شود و اگر بانک اطلاعاتی مناسبی برای داده های FTIR ارایه شود این روش می تواند به عنوان رقیبی برای تحلیل توالی ۱۶S rDNA مطرح گردد.

Keywords:

تاکسونومی , متیلوتروف , ۱۶S rDNA , FTIR