بررسی ساختار بلوک های هاپلوتیپی و پویش ژنومی صفت افزایش وزن بدن در کروموزوم-های آتوزومال گوسفند نژاد زندی با استفاده از مدل هاپلوتایپ

زمینه مطالعاتی: افزایش وزن روزانه از مهمترین سنجه­های تعیین کننده سود اقتصادی در پرورش گوسفند است. آگاهی از ویژگی­های عدم تعادل پیوستگی (LD) و ساختار بلوک­های هاپلوتیپی در مطالعات پویش ژنوم و انتخاب ژنومی معیارهای کلیدی می­باشند. هدف: این تحقیق به منظور مطالعه گستره LD، ساختار بلوک هاپلوتیپی و ارتباط ژنومی هاپلوتیپی گوسفند برای شناسایی مناطق ژنومی موثر بر صفات افزایش وزن روزانه قبل (AGW) و بعد از شیرگیری (PWG) در گوسفند زندی اجرا شد. روش کار: از ۹۶ راس گوسفند زندی نمونه خون تهیه شد و با استفاده از آرایه­های SNPChip ۵۰ K شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ شدند. پس از مراحل کنترل کیفی، در نهایت ۴۰۸۷۹ نشانگر SNP مربوط به ۹۴ حیوان آنالیز شدند. مقدار LD با محاسبه آماره r۲ بین تمام جفت جایگاه­ها از طریق نرم افزار PLINK و بلوک­های هاپلوتیپی بوسیله نرم افزار Haploview برای هر کروموزوم محاسبه شدند. پس از شناسایی اثرات ثابت معنی­دار (سال تولد و تیپ تولد)، مطالعه پویش ژنومی در نرم افزار PLINK ارزیابی و برای کنترل نرخ اشتباه از تصحیح بنفرونی استفاده شد. نتایج: در این مطالعه گستره مفید عدم تعادل پیوستگی در ۴۰K برابر با ۲/۰ r۲= برآورد شد. ۵۸/۷ درصد از کل SNPها درون بلوک­های هاپلوتیپی و ۴۵/۱ درصد از ژنوم اتوزومی توسط بلوک­ها پوشش داده شد. با انجام آنالیزهای پویش ژنومی، در مجموع چهار جایگاه هاپلوتیپی روی کروموزوم­های ۳، ۵، ۶ و ۷ شناسایی شد، به طوری که، ارتباط معنی­داری بین هاپلوتیپ­های کروموزوم ۵، ۶ و ۷ با صفت AWG و توجیه ۴۳/۳ درصد از واریانس صفت و هاپلوتیپ کروموزوم­ ۳ با PWG و توجیه ۵۲/۱ درصد از واریانس صفت به دست آمد. نتیجه گیری نهایی: ژن های کاندیدای شناسایی شده حاصل از آنالیزهای هاپلوتیپی عملکرد مولکولی مرتبط با صفات رشد داشتند که قابل استفاده بودن این یافته­ها در ارزیابی­ها، سبب تسریع در پیشرفت ژنتیکی افزایش وزن خواهد شد.

Keywords:

عدم تعادل پیوستگی , بلوک هاپلوتیپی , مطالعات پویش ژنومی , ژن کاندیدا , افزایش وزن روزانه