کنکاش ساختار، جزایر CPG، متیله شدن DNA و پروتئین حاصل از ژن های کاندیدای موثر بر ورم پستان در گاو شیری
Publish place: Journal of Animal science، Vol: 29، Issue: 1
Publish Year: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 473
This Paper With 17 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ANIMAL-29-1_008
تاریخ نمایه سازی: 26 اردیبهشت 1400
Abstract:
زمینه مطالعاتی: متیلاسیون DNA اساسا در دینوکلئوتیدهای CpG اتفاق میافتد و در تنظیم بیان ژنی درگیر میباشد. در پستانداران، مشخص شده است که بیشمتیلاسون در جزایر CpG با پیری و بیماریهای مختلف در دام مرتبط است. میزان نیمرخ متیلاسیون ژن ها می تواند به متخصص اصلاح نژاد کمک کند که برای مدیریت بیماریی که این ژن ها در آن درگیر هستند از روش های ژنتیک یا وراژنتیک استفاده کند. هدف: کنکاش غیر مستقیم متیلاسیون DNA در سطح ژن های کاندیدای موثر در ورم پستان گاوشیری ]ژن های اینترلوکین ۱ تا ۱۳ (به جز اینترلوکین ۸ و ۹)، ژن TNF و ژن اینترفرون گاما (در کل ۱۳ ژن کاندید)[ و پروتئین حاصل از این ژن ها هدف اصلی پژوهش حاضر است. امید بر آن که بتوان ژن های درگیر در این بیماری را از نظر میزان متیلاسیون گروه بندی کرد و به اهمیت پدیده ژنتیکی متیلاسیون ژن ها در مدیریت بیماری ورم پستان در گاو شیری پی برد. روش کار: ویژگی هایی مثل مکان ژن، تعداد اگزون، طول کلی اکسون پیرایش یافته و حاشیهنویسی شده، درصد گوانین، تعداد گوانین، درصد سیتوزین، تعداد سیتوزین و طول ژن ها استخراج شدند. برای استخراج ویژگی های وراژنتیک ژن های مورد بررسی در این پژوهش، از ترکیبی از انواع نرم افزارهای برخط DBCAT ، SMS و Geneinfinity و یک نرم افزار متکی به ++ C استفاده شد. بعد از استخراج ویژگیهای ژنی، مشاهده گردید که ژن های مورد بررسی از نظر اندازه، تعداد آکسون و درصد GC تفاوت زیادی با هم دارند. با توجه به نوع الگوریتم استفاده شده برای شناسایی جزایر CpG، تعداد و طول جزایر CpG یافت شده متفاوت بود. CpG های پیشبینی شده به عنوان معیاری غیر مستقیم برای بررسی میزان متیلاسیون در سطح DNA ژن ها به کار رفت. نتایج: نتایج نشان داد که به طور میانگین کمتر از ۵۰ درصد جزایر CpG در ناحیه راه انداز ژن ها قرار داشتند و جزایر CpG متیله شده بیشتر در نواحی بین ژنی توزیع شده بودند. بیشترین میزان متیلاسیون در اینترلوکین های ۱، ۲ و ژن TNF مشاهده شد که از مهمترین ژن های سرکوب ورم پستان به شمار می روند. درجه متیلاسیون در پروتئین های حاصل از ژن های مورد بررسی، با نتایج متیلاسیون رخ داده در سطح دیانایی (DNA) این ژن ها همخوانی و مطابقت نداشت. پروتئین حاصله از اینترلوکین ۱۱ در قسمت های زیادی از ساختار اولیه خود دچار متیلاسیون می شود. در سطح DNA نیز این ژن، بیشترین تعداد CpG را در قسمت راه انداز خود داشت. نتیجهگیری نهایی: ژن اینترلوکین ۱۱ می تواند از کاندید های مناسب برای انجام آزمایش های دمتیلاسیون، تهیه داروهای زیستی و بررسی اثر آن بر سرکوب عفونت ورم پستان باشد.
Keywords:
Authors
مصطفی قادری زفرهای
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج
محمد امیری
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج
لیلا هاشمی
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج
فرهاد صمدیان
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :