مقایسه صحت ارزش اصلاحی ژنومی توسط دو روش حداقل مربعات معمولی و ریدج رگرسیون در معماری متفاوت ژنتیکی

هدف از تحقیق حاضر، مقایسه دو روش حداقل مربعات معمولی (OLS) و ریدج رگرسیون (RRBLUP) در پیشبینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت در تعداد متفاوت جایگاه های صفت کمی (QTL) و وراثت پذیری با استفاده از داده های شبیه سازی میباشد. بدین منظور، ژنومی متشکل از ۳ کروموزوم هر یک به طول یک مورگان شبیه سازی شد که بر روی هر کروموزوم ۴۰۰ نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) با فراوانی اولیه یکسان ۰/۵ در دو سناریوی ۱۰۰ و QTL ۲۰۰ به طور یکنواخت پخش گردید. اثر جایگزینی QTLها با استفاده از توزیع نرمال استاندارد و در دو سطح از وراثت پذیری ۰/۲) و (۰/۵ مدل سازی شد. صحت ارزشهای اصلاحی ژنومیک پیشبینی شده توسط ریدج رگرسیون در تمام سناریوهای مختلف شبیه سازی، به طور چشمگیری بالاتر بود. روش ریدجرگرسیون یکی از روشهای جریمه ای بوده که دارای فاکتور جریمه ای میباشد که تمام اثرات را به سمت صفر سوق می دهد درنتیجه از بیش ازبرآورد اثرات جلوگیری میکند و همه اثرات به صورت همزمان برآورد میشوند، همچنین زمانیکه بین مارکرها وابستگی وجود داشته باشد نیز دارای پایداری عددی است (برخلاف روش حداقل مربعات معمولی). افزایش فاصله بین نسل مرجع و نسل تایید ناشی از بر هم خوردن فاز لینکاژ، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی در تمامی سناریوها کاهش یافت. با افزایش تعداد QTL از ۱۰۰ به ۲۰۰ ، صحت ارزش اصلاحی ژنومیک در روش حداقل مربعات معمولی (OLS) به طور چشمگیری افزایش یافت و در روش جریمه ای ریدج رگرسیون (RRBLUP) این صحت کاهش یافت. در هر دو روش با افزایش وراثت پذیری از ۰/۲ به ۰/۵ صحت به طور مشهودی افزایش یافت.

Keywords:

ارزش اصلاحی ژنومی , جایگاه های صفت کمی , معماری ژنتیکی , ژنوم , شبیه سازی.