شناسایی مکان های اتصال RNA در دنباله پروتئین ها با نگرش کاهش ابعاد بردار ویژگی

میان کنش های بین RNA و پروتئین نقشی اساسی در فرآیندهای مختلف بیولوژیکی نظیر فرآیندهای mRNA، ساخت پروتئین و عملکرد ریبوزوم ایفا می کنند. در ایم پژوهش یک روش محاسباتی برای پیش بینی مکان های اتصال RNA در پروتئین ها بوسیله تغییر در ماتریس امتیاز موقعیت خاص براساس خصوصیات فیزیکی و شیمیایی موثر در این فرآیند پیشنهاد شده است. برای در نظر گرفتن تاثیر آمینواسیدهای مجاور در دنباله پروتئین، پنجره های حرکتی و هموارکننده جهت کدگذاری ماتریس امتیاز موقعیت خاص کاهش یافته در نظر گرفته شده است. بردار ویژگی بدست آمده بعنوان ورودی به طبقه بند ماشین بردار پشتیبان مورد استفاده قرار می گیرد. به منظور ارزیابی روش پیشنهادی از اعتبارسنجی متقاطع ۵ تایی بر روی مجموعه داده RBP۱۰۷ استفاده شد و به نتایج حساسیت برابر ۶۳.۹۱، اختصاصیت برابر ۸۸.۷۴، ضریب همبستگی برابر ۰.۴۴۷۴ و صحت برابر ۸۵.۸۶ دست یافتیم. نتایج نشان می دهد که روش ما از توانایی خوبی در شناسایی مکان های اتصال RNA بر روی دنباله پروتئین ها دارد. در مقایسه روش ما با روش های قبلی، روش ما به خوبی بر روی همان مجموعه داده ها کار می کند. همچنین این نتایج بیانگر استفاده از ویژگی های مناسبی است که در این پژوهش پیشنهاد شده است.

Keywords:

میان کنش پروتئین و RNA , شناسایی مکان های اتصال RNA , ماشین بردار پشتیبان , ماتریس امتیاز موقعیت خاص