آنالیز بیوانفورماتیکی تاثیر Linalool تشنه داری(Scrophularia striata) بر پروتئین VacA هلیکوباکتر پیلوری

مقدمه: برخی گیاهان ازجمله تشنه­داری، به طور سنتی در میان مردم زاگرس نشین، به عنوان التیام بخش عفونت و زخم استفاده می­شده است. در تحقیقات پیشین، اثر التیام بخشی عصاره آبی و هیدروالکلی آن بر استرس اکسیداتیو و درمان زخم معده ناشی از اتانول در موش صحرایی تائید شده است. بر اساس این، هدف از تحقیق حاضر، آنالیز بیوانفورماتیکی تاثیر Linalool (یکی از بیشترین اجزای تشنه­داری) بر مهار پروتئین VacA هلیکوباکتر پیلوری است. مواد و روش ها: توالی­های DNA و پروتئینی Linalool گیاه آرابیدوپسیس و توالی ژن VacA هلیکوباکتر پیلوری از سراچه NCBI تهیه شد. میزان هم ردیفی توالی های DNA و پروتئینی Linalool و VacA توسط نرم افزار Clustalw vol.۲  بررسی و موتیف­های حفاظت شده با استفاده از برنامه MEME جستجو گردید. درخت فیلوژنی به وسیله نرم­افزار MEGA vol.۵ ترسیم شد. برای تعیین ساختار سوم و همچنین داکینگ مولکولی بر اساس همولوژی، توسط نرم افزار Swiss-Model و ESYPred۳D و همچنین Galaxy Web صورت گرفت. یافته های پژوهش: پروتئین های لینالول گزارش شده در سراچه NCBI، در بیشتر گیاهان، سه موتیف حفاظت شده (در محدوده ۱۰۰ تا ۳۰۰ اسید آمینه) دارد. پروتئین VacA هر سه نوع دومین سیتوپلاسمی، غشایی و کینازی را داراست. بهترین الگوی داکینگ مولکولی بر اساس بیشترین اثر متقابل میان پروتئین لینالول و پروتئین VacA (۰/۲۱) و بیشترین دقت (۱۳۳/۰) انتخاب شد. نتایج نشان داد که در ساختار هر دو پروتئین لینالول و VacA، گروه های گوناگونی ازجمله گروه های آلیفاتیک (چربی)، قطبی و آب دوست داشت. حضور چربی و آب دوست بودن در پروتئین VacA، به آن این قابلیت را می دهد که بتواند در صورت تجزیه نشدن، توسط سلولی های لنفوسیت، به راحتی از غشای سلول ها عبور کند و سبب بیماری زایی شود. از سویی، حضور همین گروه ها در لینالول نیز عاملی است که توانسته است پروتئین VacA را مهار کند. بحث و نتیجه گیری: آنالیز بیوانفورماتیکی نشان داد که لینالول سبب از میان بردن آثار هلیکوباکتر پیلوری می­شود؛ همچنین نتایج پژوهش حاضر می تواند به عنوان پایه ای برای تحقیقات آینده، برای ارزیابی تاثیر تک­تک مواد موثر تشنه­داری به ویژه لینالول، بر باکتری هلیکوباکتر پیلوری استفاده شوند.

Keywords:

Gastric cancer , Molecular docking , Scrophularia striata , VacA protein , داکینگ مولکولی , گل میمون سازویی , پروتئین VacA , سرطان معده