محمد درزی - Department of Electrical Engineering and Information Technology, Iranian Research Organization for Science and Technology (IROST), Tehran, Iran
سعید گرگین - Department of Electrical Engineering and Information Technology, Iranian Research Organization for Science and Technology (IROST), Tehran, Iran
کیوان مجیدزاده - Genetics Department, Breast Cancer Research Center, Motamed Cancer Institute, ACECR, Tehran, Iran
رضوان اسمعیلی - Genetics Department, Breast Cancer Research Center, Motamed Cancer Institute, ACECR, Tehran, Iran

مقدمه: زیرگروه Her۲-enriched در سرطان پستان پیش ­آگهی بدتری نسبت به زیرگروه ­های لومینال دارد. و اخیرا کشف درمان های هدفمند در سایر گروه­ های سرطان پستان منجر به افزایش بقاء بیماران شده است. هدف این مطالعه شناخت ژن­ های موثر در بقای کلی این دسته از بیماران مبتنی بر زیست­ شناسی سامانه ای است. روش بررسی: مجموعه­­­ داده­­­ های بیان ژن و اطلاعات بالینی ۵۸ بیمار مبتلا به زیرگروه Her۲-enriched از اطلس ژنوم سرطان دانلود شد. با استفاده از شبکه هم­بیان ژنی وزن­دار، ماژول­ های هم­ بیان شناسایی شدند. به منظور شناسایی ماژول­ های موثر بر بقای کلی، از رگرسیون کاکس استفاده شد. آنالیز بقاء تک­ژنی در درون ماژول منتخب انجام و در پایان ژن­ های معنی­ دار با استفاده از ابزار DAVID مورد تفسیر عملکردی قرار گرفتند. یافته ­ها: از میان شش ماژول هم­ بیان شناسایی­ شده، دو ماژول به طور معنی ­دار با پیش آگهی بدتر در بیماران مرتبط بودند. بر مبنای آنالیز بقای تک­ژنی، ۳۹% از ژن­ های ماژول­ منتخب، معنادار شناخته شد که رابطه­ معناداری با مسیرهای زیستی "Ubiquitin mediated proteolysis" و "RNA degradation" داشتند. ژن های CHAMP۱، PPP۱R۲۶، PRRC۲B، KANSL۳ و ANAPC۲ به ترتیب به عنوان ۵ ژن مهم در کاهش بقای کلی شناسایی شدند. همچنین این ژن­ ها در مسیرهای مرتبط با  تقسیم سلولی نقش دارند که تاییدکننده نقش آنها در سرطان است. نتیجه­ گیری: رویکرد زیست­ شناسی سامانه ای می­ تواند نتایج مناسبی در تحلیل بقاء بیماران داشته باشد. در این مطالعه ژن هایی شناسایی شدند که می­ توانند در مطالعات آزمایشگاهی به عنوان بیومارکرهای پیش ­آگهی­ دهنده بقای کلی بیماران زیرگروه Her۲-enriched و همچنین کاندیداهای بالقوه برای درمان هدفمند این دسته از بیماران مورد استفاده قرار گیرند.

HER۲-enriched Breast Cancer, WGCNA, Co-expression Network, TCGA, سرطان, زیست­ شناسی سامانه ای, شبکه­ های وزندار, شبکه ­های هم بیانی, Her۲-enriched, WGCNA