ناهیده زارع - علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
نعمت هدایت ایوریق - استادیار گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه محقق اردبیلی.
رضا سیدشریفی - دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
رضا خلخالی ایوریق - علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران

  هدف: حدود نیمی از ژنوم انسان توسط توالی­های تکراری پوشش داده شده است. این توالی­ها در ژنوم پستانداران دیگر نیز دارای سهم بسزایی بوده و از این­رو مطالعه این بخش ازژنوم می­تواند اطلاعات ارزشمندی را در زمینه تکامل در اختیار محققین قرار دهد.  این تحقیق با هدف توالی­یابی و گردآوری کل ژنوم شتر­های دوکوهانه ایرانی برای شناسایی عناصر متحرک و مطالعه میزان پراکنش آنها در ژنوم این گونه، طراحی و اجرا شد. همچنین نتایج مربوط به شترهای دوکوهانه ایرانی، با شترهای دوکوهانه غیرایرانی و شترهای تک کوهانه مورد مقایسه قرار گرفت. مواد و روش­ها: در این مطالعه ژنوم ۶ نفر شتر دو­کوهانه ایرانی برای شناسایی عناصر متحرک توالی­یابی شد. توالی­یابی کل ژنوم شترهای دو­کوهانه با استفاده از پلتفرم Illumina HiSeq ۲۰۰۰ و به صورت دو انتها انجام گرفت. برای کنترل کیفیت و پالایش خوانش­های خام از به ترتیب از نرم افزارهای FastQC و Trimmomatic استفاده شد. با استفاده از برنامه CLC Genomics Workbench گردآوری دنوو شترهای دوکوهانه انجام گرفت. جهت شناسایی عناصر متحرک کل ژنوم نیز از روش شناسایی مبتنی بر همولوژی در برنامه RepeatMasker  استفاده شد. نتایج: نتایج گردآوری ژنوم های توالی یابی شده نشان داد که اندازه ژنوم در این نمونه ها در محدوده ۹/۱ تا Gb ۹۷/۱ قرار دارد. در پژوهش حاضر، درصد عناصر متحرک در ژنوم شش­ شتر دو­کوهانه مورد مطالعه، به طور میانگین ۸۹/۲۹ از کل ژنوم گزارش شد. در بین عناصر متحرک شناسایی شده، درصد توالی­های LINE برای شترهای دو­کوهانه به طور میانگین ۵۸/۱۷ برآورد شد. بطوریکه این توالی ها­، بزرگ ترین گروه­ توالی­های تکراری در شترهای دو­کوهانه در مطالعه حاضر بودند. توالی­های تکراری SINE نسبت به LINE­ها مقدار کمتری داشتند بطوریکه که فقط ۴۵/۳ درصد از کل ژنوم شترهای مورد مطالعه را به خود اختصاص دادند. مطابق با نتایج شترهای تک کوهانه ایرانی، هیچ عنصر Alu در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی نیز شناسایی نشد. نتیجه­گیری: کمبود اطلاعات ژنومیکی و زیستی در مورد شترها، یکی از عوامل بازدارنده در پیشبرد اهداف و برنامه های اصلاح نژادی در این گونه به حساب می آید. هرچند این مطالعه به تنهایی کافی نیست اما می تواند گامی برای شروع تولید داده های ژنومیکی برای شترها باشد. ادامه این نوع مطالعات و تجمیع اطلاعات زیستی و ژنومیکی در واقع زمینه را برای شروع اصلاح نژاد نوین در شترهای ایرانی فراهم خواهد کرد.

توالی تکراری, توالی یابی کل ژنوم, شترهای دو کوهانه ایرانی, عناصر متحرک