طراحی واکسن پلی اپی توپی سلول های B و T ضد سویه های باکتری هموفیلوس: با رویکرد بیوانفورماتیکی

زمینه مطالعه:علی­رغم وجود واکسن­های کونژوگه ضد سویه­های هموفیلوس عفونت­های ناشی از هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس چه در بعد انسانی و چه در صنعت دامپروری خسارت­های اقتصادی بسیاری را به جوامع تحمیل می­کند. کارا نبودن واکسن های موجود ضد همه سویه ها می­تواند در گسترش عفونت ناشی از هموفیلوس موثر باشد. از نقاط ضعف این واکسن­ها می­توان به عدم پوشش اپی­توپ­های گوناگون از سویه­های هموفیلوس در واکسن­های موجود اشاره کرد. از این رو انتخاب یک مجموعه­ای از پروتئین­های حراست­شده و مشترک در سویه­های تهاجمی هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس جهت پیشگویی اپی­توپ­ها و طراحی واکسن­ ضروری است. هدف: این مطالعه با هدف طراحی واکسن پلی اپی­توپی موثر بر ضد سویه­های بیماریزای هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس با بهره­گیری از رهیافت­های in silico انجام شد. روش‎کار: ابتدا توالی­های پروتئین­های مورد نظر از پایگاه­های داده بازیابی شدند و به منظور به دست­ آوردن مناطق حراست­شده با نرم افزار Clustal omega همردیف گردیدند. سپس پیشگویی اپی­توپ­های سلول­های B و T برای ۶ پروتئین ایمونوژن شامل پروتئین­ غشای خارجی (Outer Membrane protein, OMP۶)، پروتئین پوشش سلولی (Opacity Associated Protein A, OapA)، پروتئین باند شونده به ترانسفرین (Transfern Binding Protein A, TbpA)، پروتئین D (PD) و D۱۵  با استفاده از سرورهای مختلف ایمونوانفورماتیک صورت گرفت. اپی­توپ­های مشترک دارای امتیاز بالاتر با لینکرهای مناسب به یکدیگر متصل گردیدند. ویژگی­های فیزیکوشیمیایی و ساختاری مدل نهایی با سرورهای مربوطه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: ۶ اپی­توپ سلولCD۴+ T و ۳ اپی­توپ سلول B از ۶ پروتئین ایمونوژن برای طراحی سازه نهایی انتخاب شدند. ارزیابی­های ایمونوانفورماتیک نشان داد که پپتید پلی اپی­توپی طراحی شده یک پادگن بی خطر، محلول، هیدروفیل و پایدار در دماهای مختلف است که می­تواند یک واکسن بالقوه باشد. نتیجه­گیری نهایی: سازه پلی اپی­توپی طراحی شده با ابزارهای ایمونوانفورماتیک می­تواند به عنوان کاندید واکسن ضد هموفیلوس مورد توجه قرار گیرد.

Keywords:

هموفیلوس آنفلوانزا , هموفیلوس سومنوس , پلی اپی توپی , ایمونوانفورماتیک , واکسن