قاسم قدرتی - گروه زیست فناوری، پردیس علوم و فناوری نوین، دانشگاه سمنان، سمنان، ایران
شمس الضحی ابوالمعالی - گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، پردیس علوم پایه، دانشگاه سمنان، سمنان، ایران
شکیبا درویشعلیپور آستانه - گروه زیست فناوری، پردیس علوم و فناوری نوین، دانشگاه سمنان، سمنان، ایران

تعیین وزن مولکولی و یا طول جفت باز ا سیدهای نوکلئیک DNA در یک آزمایشگاه مولکولی ضروری ا ست. نردبان مولکولی DNA شامل قطعات ژن با طولهای متفاوت و اندازه مشخص ا ست که در تعیین اندازه مولکولهای DNA نام شخص ا ستفاده می شود. به همین سبب شاخص اندازه جفت باز DNA، در آزمایشگاه های زیست شناسی مولکولی، ژنتیک، بیوتکنولوژی از ابزارهای ضروری محسوب میشوند. روشهایی که تاکنون برای تولید نردبان مولکولی DNA به کار گرفته شدند؛ به دلیل عدم انعطافپذیری، مشکلبودن روشکار، زمانبر وپرهزینه بودن دارای محدودیتهایی میباشند. در این تحقیق، با استفاده از نرم افزار های بیوانفورماتیک و ترکیب دو تکنیک PCR و هضم آنزیمی، یک روش ساده و مقرون به صرفه در تولید نردبان مولکولی DNA معرفی میشود. یک ژن خانه دار از مخمر ساکارومایسس سرویزیه به عنوان الگو در نظر گرفته شد. در طراحی پرایمر و شبیه سازی واکنش PCR ، و روشهای دیگر مرتبط از دو نرم افزار Snapgene (version ۳.۲.۱) و (Beta version ۶.۵.۴۶ x۶۴) Generunner استفاده شد. ۱۷ جفت اولیگونوکلئوتید و ۲ آنزیم محدودالاثر Eco۷۲I و Bsp۶۸I در طراحی نردبان مولکولی DNA از مواد مورد نیاز بودند. در نهایت، ۲۶ قطعه با طولهای مختلف در محدوده وسیع از ۵۰ تا ۱۰۰۰۰ جفت باز حاصل شدند. قطعات طراحی شده در این پژوهش شامل قطعه های ۵۰، ۱۰۰-۱۰۰۰ با فاصله ۱۰۰ جفتباز، ۱۲۵۰-۱۷۵۰ با فاصله ۲۵۰ جفت باز، ۲۰۰۰-۴۰۰۰ با فاصله ۱۰۰۰ جفت باز، ۴۵۰۰-۶۵۰۰ با فاصله ۵۰۰ جفتباز، ۶۵۰۰-۹۵۰۰ با فاصله ۱۰۰۰ جفت باز و ۱۰۰۰۰ جفت بازی هستند.

بیوانفورماتیک، نردبان مولکولی DNA، شبیه سازی PCR، هضم آنزیمی