بررسی عملکرد پروتئین های پیش بینی شده از داده های RNA-Seq در گاوهای نژاد هلشتاین و کلیستانی
Publish place: Research on Animal Production، Vol: 11، Issue: 28
Publish Year: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 177
This Paper With 15 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-11-28_014
تاریخ نمایه سازی: 4 مهر 1400
Abstract:
پژوهش حاضر به منظور تعیین نیم رخ بیانی عددی ژن های متفاوت بیان شده در نژادهای هلشتاین و کلیستانی و همچنین بررسی عملکرد پروتئین های پیش بینی شده از ژن های متفاوت بیان شده بین دو نژاد مذکور با استفاده از داده های RNA-Seq انجام شد. در این مطالعه توالی کل mRNA خون گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق هم ردیفی و مکانیابی خوانش های RNA-Seq روی ژنوم مرجع گاو بدست آمد و سپس تعیین نیم رخ بیانی عددی ژن های متفاوت بیان شده انجام شد. تعداد ۲۴۶۱۶ ژن و ۲۶۷۱۶ ایزوفرم روی ترانسکریپتوم این دو نژاد شناسایی شدند که از این میان تعداد ۴۱ ژن شناسایی شدند که تفاوت بیانی بسیار بالا و معنی داری را نشان دادند (۰۰۰۰۱۵p<). حدود یک سوم ژنهایی که عملکردشان بین دو نژاد متغیر بود، کدکننده آنزیمهای هیدرولاز و پنج مورد از پروتئینهای پیش بینی شده از جمله پروتئینهای عامل رونویسی FosB/JunD، انکوژن FOS ، ساختار elonginb، زیرواحد عامل رونویسی AP-۱، کمپلکس روی zif۲۶۸ و عامل تنظیمی-رونویسی U۲AF هستند که در تنظیم رونویسی و بیان ژنها و ویرایش RNA نقش دارند. بررسی میانکنش شبکه ای بین پروتئین های پیش بینی شده از ژن های متفاوت بیان شده نشان داد که پروتئین های پیش بینی شده در مسیرهای مختلفی مانند مسیر پیامدهی TNF، عفونت سالمونلایی، مسیر پیامدهی MAPK و آرتریت روماتوئید دخالت دارند. همچنین بررسی ها نشان داد نژاد هلشتاین و کلیستانی به علت قرار گرفتن در شرایط محیطی متفاوت و فاصله تکاملی، توانسته اند با شرایط پیرامونی به خوبی سازگار شوند و این روند در سطح مولکولی از میزان بیان ژنهای اختصاصی شناسایی شده در این پژوهش کاملا قابل فهم است. از دلایل تاییدکننده این پیشنهاد میتوان به نقش بیشتر سامانهی ایمنی در نژاد کلیستانی اشاره نمود که بهعلت قرار گرفتن در محیطی با آلودگی بالاتر در مقایسه با نژاد هلشتاین، میزان بیان پروتئین های دارای خاصیت باکتریوسایدی (Cathelicidin ۱) در آن بالا رفته و در نتیجه فعالیت سامانهی ایمنی در آن افزایش یافته است. همچنین در این پژوهش مشخص شد که ژن IL۱B بیشترین درجه تعامل ژن-دارو را با داروی Canakinumab دارد. نتایج این پژوهش نشان می دهد که در مقایسه های بین نژادی، نگاه دقیق به فعالیت پروتئین هایی که توسط ژن های متفاوت بیان می شوند می توانند تفاوت نژادی در سطح ملکولی را بهتر توضیح دهند.
Keywords:
Holstein cattle , RNA-Seq , Isoform , Protein interaction network , گاو هلشتاین , RNA-Seq , ایزوفرم , شبکه برهم کنش پروتئینی
Authors
مصطفی قادری زفره ایی
Department of Animal Science, Yasouj University, Yasouj, Iran
آزاده ترابی
Department of Agriculture, Payame Noor University, Tehran, Iran
محمد اسماعیل پور
Ahar Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tabriz, Ahar, Iran
مینا سلیم پور
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Guilan, Rasht, IRAN
محمدحسین بناءبازی
Department of Biotechnology, Animal Science Research Institute of IRAN (ASRI), Agricultural Research, Education & Extension Organization (AREEO), Karaj, IRAN
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :