بررسی عملکرد پروتئین های پیش بینی شده از داده های RNA-Seq در گاوهای نژاد هلشتاین و کلیستانی
عنوان مقاله: بررسی عملکرد پروتئین های پیش بینی شده از داده های RNA-Seq در گاوهای نژاد هلشتاین و کلیستانی
شناسه ملی مقاله: JR_RAP-11-28_014
منتشر شده در در سال 1399
شناسه ملی مقاله: JR_RAP-11-28_014
منتشر شده در در سال 1399
مشخصات نویسندگان مقاله:
مصطفی قادری زفره ایی - Department of Animal Science, Yasouj University, Yasouj, Iran
آزاده ترابی - Department of Agriculture, Payame Noor University, Tehran, Iran
محمد اسماعیل پور - Ahar Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tabriz, Ahar, Iran
مینا سلیم پور - Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Guilan, Rasht, IRAN
محمدحسین بناءبازی - Department of Biotechnology, Animal Science Research Institute of IRAN (ASRI), Agricultural Research, Education & Extension Organization (AREEO), Karaj, IRAN
خلاصه مقاله:
مصطفی قادری زفره ایی - Department of Animal Science, Yasouj University, Yasouj, Iran
آزاده ترابی - Department of Agriculture, Payame Noor University, Tehran, Iran
محمد اسماعیل پور - Ahar Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tabriz, Ahar, Iran
مینا سلیم پور - Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Guilan, Rasht, IRAN
محمدحسین بناءبازی - Department of Biotechnology, Animal Science Research Institute of IRAN (ASRI), Agricultural Research, Education & Extension Organization (AREEO), Karaj, IRAN
پژوهش حاضر به منظور تعیین نیم رخ بیانی عددی ژن های متفاوت بیان شده در نژادهای هلشتاین و کلیستانی و همچنین بررسی عملکرد پروتئین های پیش بینی شده از ژن های متفاوت بیان شده بین دو نژاد مذکور با استفاده از داده های RNA-Seq انجام شد. در این مطالعه توالی کل mRNA خون گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق هم ردیفی و مکانیابی خوانش های RNA-Seq روی ژنوم مرجع گاو بدست آمد و سپس تعیین نیم رخ بیانی عددی ژن های متفاوت بیان شده انجام شد. تعداد ۲۴۶۱۶ ژن و ۲۶۷۱۶ ایزوفرم روی ترانسکریپتوم این دو نژاد شناسایی شدند که از این میان تعداد ۴۱ ژن شناسایی شدند که تفاوت بیانی بسیار بالا و معنی داری را نشان دادند (۰۰۰۰۱۵p<). حدود یک سوم ژنهایی که عملکردشان بین دو نژاد متغیر بود، کدکننده آنزیمهای هیدرولاز و پنج مورد از پروتئینهای پیش بینی شده از جمله پروتئینهای عامل رونویسی FosB/JunD، انکوژن FOS ، ساختار elonginb، زیرواحد عامل رونویسی AP-۱، کمپلکس روی zif۲۶۸ و عامل تنظیمی-رونویسی U۲AF هستند که در تنظیم رونویسی و بیان ژنها و ویرایش RNA نقش دارند. بررسی میانکنش شبکه ای بین پروتئین های پیش بینی شده از ژن های متفاوت بیان شده نشان داد که پروتئین های پیش بینی شده در مسیرهای مختلفی مانند مسیر پیامدهی TNF، عفونت سالمونلایی، مسیر پیامدهی MAPK و آرتریت روماتوئید دخالت دارند. همچنین بررسی ها نشان داد نژاد هلشتاین و کلیستانی به علت قرار گرفتن در شرایط محیطی متفاوت و فاصله تکاملی، توانسته اند با شرایط پیرامونی به خوبی سازگار شوند و این روند در سطح مولکولی از میزان بیان ژنهای اختصاصی شناسایی شده در این پژوهش کاملا قابل فهم است. از دلایل تاییدکننده این پیشنهاد میتوان به نقش بیشتر سامانهی ایمنی در نژاد کلیستانی اشاره نمود که بهعلت قرار گرفتن در محیطی با آلودگی بالاتر در مقایسه با نژاد هلشتاین، میزان بیان پروتئین های دارای خاصیت باکتریوسایدی (Cathelicidin ۱) در آن بالا رفته و در نتیجه فعالیت سامانهی ایمنی در آن افزایش یافته است. همچنین در این پژوهش مشخص شد که ژن IL۱B بیشترین درجه تعامل ژن-دارو را با داروی Canakinumab دارد. نتایج این پژوهش نشان می دهد که در مقایسه های بین نژادی، نگاه دقیق به فعالیت پروتئین هایی که توسط ژن های متفاوت بیان می شوند می توانند تفاوت نژادی در سطح ملکولی را بهتر توضیح دهند.
کلمات کلیدی: Holstein cattle, RNA-Seq, Isoform, Protein interaction network, گاو هلشتاین, RNA-Seq, ایزوفرم, شبکه برهم کنش پروتئینی
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1274594/