مقایسه روند تکاملی و فیلوژنتیکی توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR۱ ژنوم میتوکندری در بز و سایر گونه های دامی

Publish Year: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 208

This Paper With 11 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

شناسه ملی سند علمی:

JR_RAP-10-23_013

تاریخ نمایه سازی: 4 مهر 1400

Abstract:

حفظ تنوع ژنتیکی در جمعیت­ های بومی بز در نقاط مختلف ایران برای انجام برنامه ­های اصلاح نژادی، افزایش تولید، بقاء، مقاومت به بیماری­ ها و تغییرات شرایط محیطی مختلف ضروری است. هدف از مطالعه حاضر تعیین توالی ناحیه HVR۱ از ژنوم میتوکندری از بز­­های بومی ایران شامل اکوتیپ­ های سیستانی، پاکستانی، لری سیاه و عدنی (هر کدام ۴ راس)، بررسی میزان تنوع محتمل در این جمعیت­­ ها و ترسیم رابطه فیلوژنی آن­ها در مقایسه با برخی گونه­ های حیوانی بود. استخراج DNA کل به روش فنل-کلروفرم انجام شد و به عنوان الگو جهت تکثیر ناحیهHVR۱  ژنوم میتوکندری مورد استفاده قرار گرفت و باندهای بدست آمده به روش سانگر تعیین توالی شدند. توالی­ های نوکلئوتیدی مذکور به همراه ۳۰ توالی از ناحیه مشابه ژنوم میتوکندری مربوط به برخی گونه­ های حیوانی بدست آمده از بانک جهانی ژن (NCBI) جهت تجزیه ژنتیکی و ترسیم درخت فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت. میانگین تنوع هاپلوتایپی و تنوع نوکلئوتیدی در بین گونه­ ها به ترتیب  ۹۹۴/۰ و ۱۲۸۹۱/۰ و در اکوتیپ­های مورد بررسی ۱و ۰۲۹۲۹/۰ محاسبه شد. میزان عددی نسبت جایگزینی dn/ds برای اکوتیپ های مورد بررسی و سایر گونه­ ها به ترتیب ۱۷/۱ و ۱۲/۱ محاسبه شد که نشان دهنده انتخاب مثبت در فرایند تکامل این ژن است. نتایج حاصل از درخت فیلوژنی توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR۱  شامل دو شاخه اصلی و تعداد ۷ زیر شاخه فرعی بودند. در بین گونه­ های مورد بررسی اکوتیپ­های بز با گونه گوسفند شباهت بیشتری داشتند. تجزیه ژنتیکی و فیلوژنی گونه­ های مورد بررسی بیانگر تمایز و مسیر تکاملی متفاوت هر گونه است و ناحیه HVR۱ می تواند موجب گروه ­بندی صحیح گونه­ ها و زیر گونه­ های انشقاق  یافته از آنها شود.

Authors

مریم شریعت

University of Zabol

غلامرضا داشاب

University of Zabol

مهدی وفای واله

University of Zabol

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • Ahmadian, K., G. Rahimi Mianji, H. Sayahzadeh and H. Deldar. ...
  • Fajardo, V., I. González, I. López-Calleja, I. Martín, P.E. Hernández, ...
  • Guha, S., S.P. Goyal and V.K. Kashyap. ۲۰۰۶. Genomic variation ...
  • Harrison, R.G. ۱۹۸۹. Animal mitochondrial DNA as a genetic marker ...
  • Hiendleder, S., K. Mainz, Y. Plante and H. Lewalski. ۱۹۹۸. ...
  • Hoda, A., Y. Biçoku and P. Dobi. ۲۰۱۴. Genetic diversity ...
  • Joshi, M.B., P.K. Rout, A.K. Mandal, C. Tyler-Smith, L. Singh ...
  • Karimi, V., N. Hedayat Evrigh, R. Seyed Sharifi and S. ...
  • Lopez, A. and M.G. Bonasora. ۲۰۱۷. Phylogeography, genetic diversity and ...
  • Mohammadi, P., J. Nazemi Rafie and J. Rostamzadeh. ۲۰۱۸. Evaluation ...
  • Morovati, S. and M. Modaresi. ۲۰۰۵. Study of the HV۱ ...
  • Naderi, S., H.R. Rezaei, P. Taberlet, S. Zundel, S.A. Rafat, ...
  • Nei, M. and S. Kumar. ۲۰۰۰. Molecular evolution and phylogenetics. ...
  • Pakpahan S., W. Tunas Artama, R. Widayanti and G. Suparta. ...
  • Phuphuakrat, A and P. Auewarakul. ۲۰۰۳. Heterogeneity of HIV-۱ Rev ...
  • Rozas J., J.C. Sachez-Delbarrio, X. Messeguer and R. Rozas. ۲۰۰۳. ...
  • Tamura, K., M. Nei and S. Kumar. ۲۰۰۴. Prospects for ...
  • Tavakolian, J. ۱۹۹۹. An attitude to the genetic resources of ...
  • Zeder, M.A. and H.A. Lapham. ۲۰۱۰. Assessing the reliability of ...
  • Ahmadian, K., G. Rahimi Mianji, H. Sayahzadeh and H. Deldar. ...
  • Fajardo, V., I. González, I. López-Calleja, I. Martín, P.E. Hernández, ...
  • Guha, S., S.P. Goyal and V.K. Kashyap. ۲۰۰۶. Genomic variation ...
  • Harrison, R.G. ۱۹۸۹. Animal mitochondrial DNA as a genetic marker ...
  • Hiendleder, S., K. Mainz, Y. Plante and H. Lewalski. ۱۹۹۸. ...
  • Hoda, A., Y. Biçoku and P. Dobi. ۲۰۱۴. Genetic diversity ...
  • Joshi, M.B., P.K. Rout, A.K. Mandal, C. Tyler-Smith, L. Singh ...
  • Karimi, V., N. Hedayat Evrigh, R. Seyed Sharifi and S. ...
  • Lopez, A. and M.G. Bonasora. ۲۰۱۷. Phylogeography, genetic diversity and ...
  • Mohammadi, P., J. Nazemi Rafie and J. Rostamzadeh. ۲۰۱۸. Evaluation ...
  • Morovati, S. and M. Modaresi. ۲۰۰۵. Study of the HV۱ ...
  • Naderi, S., H.R. Rezaei, P. Taberlet, S. Zundel, S.A. Rafat, ...
  • Nei, M. and S. Kumar. ۲۰۰۰. Molecular evolution and phylogenetics. ...
  • Pakpahan S., W. Tunas Artama, R. Widayanti and G. Suparta. ...
  • Phuphuakrat, A and P. Auewarakul. ۲۰۰۳. Heterogeneity of HIV-۱ Rev ...
  • Rozas J., J.C. Sachez-Delbarrio, X. Messeguer and R. Rozas. ۲۰۰۳. ...
  • Tamura, K., M. Nei and S. Kumar. ۲۰۰۴. Prospects for ...
  • Tavakolian, J. ۱۹۹۹. An attitude to the genetic resources of ...
  • Zeder, M.A. and H.A. Lapham. ۲۰۱۰. Assessing the reliability of ...
  • نمایش کامل مراجع