مقایسه روند تکاملی و فیلوژنتیکی توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR۱ ژنوم میتوکندری در بز و سایر گونه های دامی
Publish place: Research on Animal Production، Vol: 10، Issue: 23
Publish Year: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 208
This Paper With 11 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-10-23_013
تاریخ نمایه سازی: 4 مهر 1400
Abstract:
حفظ تنوع ژنتیکی در جمعیت های بومی بز در نقاط مختلف ایران برای انجام برنامه های اصلاح نژادی، افزایش تولید، بقاء، مقاومت به بیماری ها و تغییرات شرایط محیطی مختلف ضروری است. هدف از مطالعه حاضر تعیین توالی ناحیه HVR۱ از ژنوم میتوکندری از بزهای بومی ایران شامل اکوتیپ های سیستانی، پاکستانی، لری سیاه و عدنی (هر کدام ۴ راس)، بررسی میزان تنوع محتمل در این جمعیت ها و ترسیم رابطه فیلوژنی آنها در مقایسه با برخی گونه های حیوانی بود. استخراج DNA کل به روش فنل-کلروفرم انجام شد و به عنوان الگو جهت تکثیر ناحیهHVR۱ ژنوم میتوکندری مورد استفاده قرار گرفت و باندهای بدست آمده به روش سانگر تعیین توالی شدند. توالی های نوکلئوتیدی مذکور به همراه ۳۰ توالی از ناحیه مشابه ژنوم میتوکندری مربوط به برخی گونه های حیوانی بدست آمده از بانک جهانی ژن (NCBI) جهت تجزیه ژنتیکی و ترسیم درخت فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت. میانگین تنوع هاپلوتایپی و تنوع نوکلئوتیدی در بین گونه ها به ترتیب ۹۹۴/۰ و ۱۲۸۹۱/۰ و در اکوتیپهای مورد بررسی ۱و ۰۲۹۲۹/۰ محاسبه شد. میزان عددی نسبت جایگزینی dn/ds برای اکوتیپ های مورد بررسی و سایر گونه ها به ترتیب ۱۷/۱ و ۱۲/۱ محاسبه شد که نشان دهنده انتخاب مثبت در فرایند تکامل این ژن است. نتایج حاصل از درخت فیلوژنی توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR۱ شامل دو شاخه اصلی و تعداد ۷ زیر شاخه فرعی بودند. در بین گونه های مورد بررسی اکوتیپهای بز با گونه گوسفند شباهت بیشتری داشتند. تجزیه ژنتیکی و فیلوژنی گونه های مورد بررسی بیانگر تمایز و مسیر تکاملی متفاوت هر گونه است و ناحیه HVR۱ می تواند موجب گروه بندی صحیح گونه ها و زیر گونه های انشقاق یافته از آنها شود.
Keywords:
Authors
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :