کاوش ژنومی برای ردیابی نشانه های انتخاب در اسب نژاد ترکمن

Publish Year: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 179

This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

شناسه ملی سند علمی:

JR_RAP-9-19_008

تاریخ نمایه سازی: 4 مهر 1400

Abstract:

     انتخاب در جهت افزایش فراوانی جهش­های جدیدی که در برخی از جمعیت­ها مفید هستند باعث به جا گذاشتن نشانه­هایی در سطح ژنوم می­شوند. از آنجایی که این مناطق غالبا صفات مهم اقتصادی را کنترل می­نمایند، در نتیجه شناسایی و ردیابی این مناطق از موضوعات مهم در مباحث ژنتیک حیوانی به حساب می­آید. هدف از انجام این تحقیق ردیابی نشانه­های انتخاب در سطح ژنوم در جمعیت اسب نژاد ترکمن با استفاده از ۷۰۰۰۰ نشانگر SNP بود. تعداد ۲۳ راس اسب نژاد ترکمن از مناطق مختلف گنبد کاووس انتخاب، بعد از خون­گیری و استخراج DNA، تعیین ژنوتیپ شدند. جهت جستجوی نشانه­های انتخاب از آزمون­های مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی (LD) شامل آزمون EHH  (هموزیگوسیتی هاپلوتیپی بسط داده شده) و iHS (رتبه­بندی هاپلوتایپ یکپارچه) استفاده شد. برای شناسایی مناطقی از ژنوم که دارای بیشترین نشانه­های انتخاب بودند از آماره iHS استفاده شد و در نهایت ۶ منطقه ژنومی که در صدک ۹/۹۹ % کل ارزش­های iHS قرار داشتند به­عنوان مناطق کاندیدای نشانه انتخاب، انتخاب شدند. این مناطق در کروموزوم­های ۵، ۴، ۷، ۸، ۹ و ۱۰ قرار داشتند. نتایج آماره EHH به همراه بررسی دیاگرام ­های شاخه­ بندی هاپلوتیپی وجود نشانه ­های انتخاب در این مناطق ژنومی را تایید کرد. براساس نتایج حاصله از آماره EHH در برخی از جایگاه­ها فرسایش LD با سرعت بیشتر (کروموزوم ۷، ۹ و ۱۰) و در برخی جایگاه­ها به کندی (۴، ۵ و ۸) اتفاق افتاده است به­ طوریکه آلل­های موجود روی کروموزوم­ های ۴،۵ و ۸ دامنه طولانی از LD داشته و فراوانی آنها به ترتیب برابر با ۴۳، ۵۲ و ۳۷ درصد بودند. بنابراین، این مناطق از ژنوم اسب ترکمن احتمالا هدف انتخاب مثبت بوده است.

Authors

علیرضا خان احمدی

Sari Agricultural Science and Natural Resources University

قدرت ا... رحیمی

Sari Agricultural Science and Natural Resources University

حسین مرادی شهر بابک

College of Agriculture, University of Theran

سیدحسن حافظیان

Sari Agricultural Science and Natural Resources University

محمد باقر زندی باغچه مریم

College of Agriculture, University of Zanjan

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • Akey, J.M. ۲۰۰۹. Constructing genomic maps of positive selection in ...
  • Biswas, S. and J.M. Akey. ۲۰۰۶. Genomic insights into positive ...
  • Brookfield, J.F.Y. ۲۰۰۱. Population genetics, The signature of selection. Current ...
  • Busch-Nentwich, E., R. Kettleborough, C.M. Dooley, C. Scahill, I. Sealy, ...
  • Carlson, C.S., D.J. Thomas, M.A. Eberle, J.E. Swanson, R.J. Livingston, ...
  • Emmeline, W., H. Beatrice, A. McGivney, G.U. Jingjing, R. Whiston, ...
  • Estrada-Cuzcano, A., K. Neveling, S. Kohl, E. Banin, Y. Rotenstreich, ...
  • Gautier, M. and R. vitalis. ۲۰۱۲. Rehh: An R package ...
  • Hayes, B., S. Lien, H. Nilsen, H.G. Olsen, P. Berg, ...
  • Hays, B.J., A.J. Chamberlain, S. Maceachern, K. Savin, H. Mcpartlan, ...
  • Hudson, R., K. Bailey, D. Skarecky, J. Kwiatowski and F. ...
  • Jiang, Q., S. Arnold, T. Heanue, K.P. Kilambi, B. Doan, ...
  • Jingjing, G.U., N. Orr, S.D. Park, L.M. Katz, G. Sulimova, ...
  • Khalili, M. ۱۳۸۷. Horses and my expertise. Zareh, Tehran, ۶۹۴ ...
  • Kasarda, R., N. Moravčíková, A. Trakovická, G. Mészáros and K. ...
  • Kimura, M. ۱۹۸۳. The neutral theory of molecular evolution and ...
  • Knöll, R., M. Hoshijima, H.M. Hoffman, V. Person, I. Lorenzen-Schmidt, ...
  • Matsuda, A., Y. Suzuki, G. Honda, S. Muramatsu, O. Matsuzaki, ...
  • McCoy, A.M., R. Schaefer, J.L. petersen, P.L. Morrell, M.A. Slamka, ...
  • Moradi, M.H., A. Nejati-Javaremi, M. Moradi-Shahrbabak, K.G. Dodds and J.C. ...
  • Mukhopadhyay, D., A. Arnaoutov and M. Dasso. ۲۰۱۰. The SUMO ...
  • Petersen, J.L., S.J. Valberg, J.R. Mickelson and M.E. McCue. ۲۰۱۴. ...
  • Purcell, S., B. Neale, K. Todd-Brown, L. Thomas, M.A. Ferreira, ...
  • Qanbari, S., D. Gianola, B. Hayes, F. Schenkel, S. Miller, ...
  • Qanbari, S., H. Pausch, S. Janse, M. Somel, T.M. Strom, ...
  • Sabeti, P., D.E. Reich, J.M. Higgins, H.Z. Levine, D.J. Richter, ...
  • Sabeti, P., S.F. Schaffner, B. Fry, J. Lohmueller, P. Varilly, ...
  • Savage, D.B., C.S. Choi, V.T. Samuel, Z. X Liu, D. ...
  • Scheet, P. and M. Stephens. ۲۰۰۶. A fast and flexible ...
  • Smith, J.M. and J. Haigh. ۱۹۷۴. The hitch-hiking effect of ...
  • Takahashi, K.۱., M. Ishida and H. Takahashi. ۲۰۰۹. Expression of ...
  • Tang, K., K. Thornton and M. Stoneking. ۲۰۰۷. A new ...
  • Tashiro, K., T. Tsunematsu, H. Okubo, T. Ohta, E. Sano, ...
  • Teo, Y.Y., A.E. Fry, T.G. Clark, E.S. Tai and M. ...
  • R Development core team. ۲۰۱۵. Free software environment for statistical ...
  • Tian, Y., P. Jackson, C. Gunter, J. Wang, C.O. Rock ...
  • Traba, J., A.D. Arco, M.R. Duchen, G. Szabadkai and J. ...
  • Venhoranta, H., H. Pausch, K. Flisikowski, C. Wurmser, J. Taponen, ...
  • Voight, B., S. Kudaravalli, X. Wen and J. Pritchard. ۲۰۰۶. ...
  • Wade, C.M., E. Giulotto, S. Sigurdsson, M. Zoli, S. Gnerre, ...
  • Wagh, K., A. Bhatia, G. Alexe, A. Reddy, V. Ravikumar, ...
  • Wang, E.T., G.K. Odama, P. Baldi and R. Moyzis. ۲۰۰۶. ...
  • Zandi, M.B., A. Nejati-Javaremi and A. Pakdel. ۲۰۱۳. Genome-Wide of ...
  • Zou, Y., D. Zwolanek, Y. Izu, S. Gandhy, G. Schreiber, ...
  • Akey, J.M. ۲۰۰۹. Constructing genomic maps of positive selection in ...
  • Biswas, S. and J.M. Akey. ۲۰۰۶. Genomic insights into positive ...
  • Brookfield, J.F.Y. ۲۰۰۱. Population genetics, The signature of selection. Current ...
  • Busch-Nentwich, E., R. Kettleborough, C.M. Dooley, C. Scahill, I. Sealy, ...
  • Carlson, C.S., D.J. Thomas, M.A. Eberle, J.E. Swanson, R.J. Livingston, ...
  • Emmeline, W., H. Beatrice, A. McGivney, G.U. Jingjing, R. Whiston, ...
  • Estrada-Cuzcano, A., K. Neveling, S. Kohl, E. Banin, Y. Rotenstreich, ...
  • Gautier, M. and R. vitalis. ۲۰۱۲. Rehh: An R package ...
  • Hayes, B., S. Lien, H. Nilsen, H.G. Olsen, P. Berg, ...
  • Hays, B.J., A.J. Chamberlain, S. Maceachern, K. Savin, H. Mcpartlan, ...
  • Hudson, R., K. Bailey, D. Skarecky, J. Kwiatowski and F. ...
  • Jiang, Q., S. Arnold, T. Heanue, K.P. Kilambi, B. Doan, ...
  • Jingjing, G.U., N. Orr, S.D. Park, L.M. Katz, G. Sulimova, ...
  • Khalili, M. ۱۳۸۷. Horses and my expertise. Zareh, Tehran, ۶۹۴ ...
  • Kasarda, R., N. Moravčíková, A. Trakovická, G. Mészáros and K. ...
  • Kimura, M. ۱۹۸۳. The neutral theory of molecular evolution and ...
  • Knöll, R., M. Hoshijima, H.M. Hoffman, V. Person, I. Lorenzen-Schmidt, ...
  • Matsuda, A., Y. Suzuki, G. Honda, S. Muramatsu, O. Matsuzaki, ...
  • McCoy, A.M., R. Schaefer, J.L. petersen, P.L. Morrell, M.A. Slamka, ...
  • Moradi, M.H., A. Nejati-Javaremi, M. Moradi-Shahrbabak, K.G. Dodds and J.C. ...
  • Mukhopadhyay, D., A. Arnaoutov and M. Dasso. ۲۰۱۰. The SUMO ...
  • Petersen, J.L., S.J. Valberg, J.R. Mickelson and M.E. McCue. ۲۰۱۴. ...
  • Purcell, S., B. Neale, K. Todd-Brown, L. Thomas, M.A. Ferreira, ...
  • Qanbari, S., D. Gianola, B. Hayes, F. Schenkel, S. Miller, ...
  • Qanbari, S., H. Pausch, S. Janse, M. Somel, T.M. Strom, ...
  • Sabeti, P., D.E. Reich, J.M. Higgins, H.Z. Levine, D.J. Richter, ...
  • Sabeti, P., S.F. Schaffner, B. Fry, J. Lohmueller, P. Varilly, ...
  • Savage, D.B., C.S. Choi, V.T. Samuel, Z. X Liu, D. ...
  • Scheet, P. and M. Stephens. ۲۰۰۶. A fast and flexible ...
  • Smith, J.M. and J. Haigh. ۱۹۷۴. The hitch-hiking effect of ...
  • Takahashi, K.۱., M. Ishida and H. Takahashi. ۲۰۰۹. Expression of ...
  • Tang, K., K. Thornton and M. Stoneking. ۲۰۰۷. A new ...
  • Tashiro, K., T. Tsunematsu, H. Okubo, T. Ohta, E. Sano, ...
  • Teo, Y.Y., A.E. Fry, T.G. Clark, E.S. Tai and M. ...
  • R Development core team. ۲۰۱۵. Free software environment for statistical ...
  • Tian, Y., P. Jackson, C. Gunter, J. Wang, C.O. Rock ...
  • Traba, J., A.D. Arco, M.R. Duchen, G. Szabadkai and J. ...
  • Venhoranta, H., H. Pausch, K. Flisikowski, C. Wurmser, J. Taponen, ...
  • Voight, B., S. Kudaravalli, X. Wen and J. Pritchard. ۲۰۰۶. ...
  • Wade, C.M., E. Giulotto, S. Sigurdsson, M. Zoli, S. Gnerre, ...
  • Wagh, K., A. Bhatia, G. Alexe, A. Reddy, V. Ravikumar, ...
  • Wang, E.T., G.K. Odama, P. Baldi and R. Moyzis. ۲۰۰۶. ...
  • Zandi, M.B., A. Nejati-Javaremi and A. Pakdel. ۲۰۱۳. Genome-Wide of ...
  • Zou, Y., D. Zwolanek, Y. Izu, S. Gandhy, G. Schreiber, ...
  • نمایش کامل مراجع