معصومه درافشان - دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه ژنتیک و به نژادی گیاهی، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی، اهواز، ایران
مهدی سلطانی حویزه - مربی، گروه ژنتیک و به نژادی گیاهی، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی، اهواز، ایران
وحید شریعتی - استادیار، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران

شناسه دیجیتال (DOR):۹۸.۱۰۰۰/۱۷۳۵-۰۹۰۵.۱۳۹۸.۳۶.۳۹۰.۱۰۱.۳.۱۵۸۸.۴۱ شناسایی ژن های بیوسنتز کننده متابولیت های اختصاصی گیاهان دارویی امروزه با سرعت و دقت فراوان با استفاده از فناوری های جدید مطالعه ترنسکریپتوم مانند توالی یابی RNA انجام می شود. این مطالعه به منظور شناسایی ژن های اختصاصی مسیر بیوسنتز تری ترپن ها و سزکویی ترپن های موجود در بافت میوه هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis L.) انجام شد. با استخراج RNA از بافت میوه های هندوانه ابوجهل برداشت شده از منطقه اندیمشک واقع در استان خوزستان در سال ۱۳۹۶، تکنیک توالی یابی RNA با استفاده از بن سازه Iluumina HiSeq ۲۵۰۰ اجرا شد. مراحل بیوانفورماتیکی شامل یک پارچه سازی نوپدید با استفاده از نرم افزار Evidential-gene و تفسیر کارکردی با استفاده از پایگاه اطلاعاتی KAAS انجام گردید. از تعداد ۲۱۹۵۲۸۸۵ توالی دارای کیفیت بالا، تعداد ۵۵۳۱۱ تک ژن یک پارچه تولید شد و این تک ژن ها به صورت موازی در پایگاه های اطلاعاتی مختلف بارگذاری شدند. در پایگاه KAAS تعداد ۱۷۳۵۹ تک ژن در ۱۳۴ مسیر گیاهی آنوتیت (Annotate) شدند. از میان مسیرهای متابولیت های ثانویه مختلف و مهم در بافت میوه گیاه هندوانه ابوجهل، به مسیر ژنی "تری ترپن ها" و" سزکویی ترپن ها" تعداد ۳۹ تک ژن و ۸ ژن اورتولوگ اختصاص داشت. آنالیز ترنسکریپتوم این گیاه دارویی با هدف شناسایی ژن های مسیرهای بیوسنتزی متابولیت های ثانویه جنبه های پژوهشی و اجرایی مختلفی ازجمله مهندسی مسیر بیوسنتز متابولیت های دارویی گیاهی را زمینه سازی می کنند.

کوکوربیتاسین, توالی یابی RNA, متابولیت های ثانویه, یک پارچه سازی نوپدید, ترپن ها