تجزیه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت ژنوتیپ های گندم دوروم(Triticum turgidum L.) با استفاده از نشانگرهای SilicoDArT تولید شده از DArTseq در سطح کل ژنوم
Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 13، Issue: 3
Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 361
This Paper With 26 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-13-3_003
تاریخ نمایه سازی: 7 مهر 1400
Abstract:
هدف: گندم دوروم (Triticum turgidum L.) با متوسط تولید سالانه ۴۰ میلیون تن، دهمین غله ی بسیار مهم و متداولی است که در سراسر جهان کشت می گردد. لذا هدف از این مطالعه تجزیه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت ژنوتیپ های گندم دوروم برای آگاهی و استفاده از آن در مطالعات ژنومیک آینده با استفاده از نشانگرهای SilicoDArT تولید شده از DarTseq بود. مواد و روش ها: DNA مربوط به ۹۴ ژنوتیپ گندم دوروم به روش CTAB از برگ های تازه استخراج شد. کیفیت و کمیت DNA استخراج شده با استفاده از دستگاه اسپکتروفتومتر اندازه گیری و غلظت DNA نمونه ها به میزان ۵۰ نانوگرم در میکرولیتر تصحیح گردید. نمونه های DNA درDiversity Array Technology Pty, Ltd, Australia (https://www.diversityarrays.com) برای تجزیه ژنوتیپی DArTseq با استفاده از پلاتفرم تجزیه ژنوتیپی بوسیله تعیین توالی (GBS) پردازش شدند. تجزیه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت بر روی ۷۸۸۲ نشانگر باقیمانده با استفاده از نرم افزارهایPower Markerv.۳.۲۵ ، DARwinver۵.۰، STRUCTURE ۲.۱.، GenAlex v. ۶.۴۱و Rv۳.۲.۳ انجام گرفت. نتایج: مقدار محتوی اطلاعات چندشکلی (PIC) نشانگرهای SilicoDArT از ۰۲۳/۰ تا ۴۹۹/۰ با میانگین ۳۸/۰ متغیر بود. متوسط تکرارپذیری و میزان قرائت توالی ها در تمام گروه های لینکاژی به ترتیب بالای ۹۸/۰ و ۹۲/۰ بود. تعداد نشانگرهای SilicoDArT نقشه یابی شده از ۳۰۰ نشانگر در گروه لینکاژی (Chr۱A) تا ۸۵۳ نشانگر در گروه لینکاژی (Chr۷B) متفاوت بود. اندازه کروموزوم تحت پوشش نشانگرهایSilicoDArT از kbp۱/۸۲۹۲۰۰ در گروه لینکاژی (Chr۳B) تا kbp ۷۹/۵۸۹۲۹۳ در گروه لینکاژی(Chr۱A) متغیر بود. نتایج تجزیه کلاستر به روش اتصال- همسایگی (NJ)، ساختار جمعیت و تابع تشخیص مولفه های اصلی همخوانی بالایی با هم داشتند و بطور واضح ژنوتیپ های مورد بررسی را در چهار گروه مجزا قرار دادند. بیشترین میزان تنوع ژنتیکی مربوط به تنوع درون جمعیتی بود. نتیجه گیری: تعداد نسبتا بالای زیرجمعیت ها و وجود تنوع ژنتیکی بالا در میان و درون جمعیت ها از ویژگی های مجموعه ژنوتیپ های گندم دوروم مورد مطالعه در این تحقیق بود. لذا با توجه به اتلاف ۸۴% تنوع ژنتیکی گندم دوروم طی فرآیندهای اولیه اهلی سازی، این جمعیت ها می توانند به عنوان یک منبع ارزشمند در تحقیقات بنیادی و کاربردی در پروژه های به نژادی مورد استفاده قرار گیرد.
Keywords:
Authors
پیمان ابراهیمی
دانشجوی دکتری ژنتیک و به نژادی گیاهی، گروه زراعت و اصلاح نباتات، واحد سنندج، دانشگاه آزاد اسلامی، سنندج، ایران
عزت کرمی
گروه زراعت، اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، واحد سنندج، دانشگاه آزاد اسلامی، سنندج، ایران.
علیرضا اطمینان
گروه بیوتکنولوژی و به نژادی گیاهی، واحد کرمانشاه، دانشگاه آزاد اسلامی، کرمانشاه، ایران
رضا طالبی
گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشگاه آزاد اسلامی واحد سنندج، سنندج، ایران
رضا محمدی
عضو هیات علمی مرکز تحقیقات کشاورزی دیم سرارود کرمانشاه
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :