بمنظور بررسی اثر گنبد نمکی بیابانک بر روی منابع آب منطقه، تغییرات عناصر و پارامترهای کیفی،(+)Ca, Mg, EC, SAR, PH, Na, Cl, HCO(۳)، آنیونها و کاتیون ها طی سال های ۸۱-۸۸ بررسی شد و نمودار خوشه ای رسم شده نشان داد منابع آبی پایین دست در گروه مجزایی از نظر کیفیت نسبت به منابع آبی بالادست قرار دارند و سپس تجزیه مولفه های اصلی (PCA) مشخص کرد ۷۱/۶۷% تغییرات منابع آب زیرزمینی منطقه ناشی از متغیرهای Cl, EC و SAR می باشد. همچنین آنالیز نمونهبرداری از ۱۷ چاه موجود در منطقه در سال ۱۳۸۹ ونمونه های آب سطحی ناشی از رواناب در منطقه نشان داد که در چاه های نمونه برداری شده ۵۰/۵۵% تغییرات و در نمونه های آب سطحی ۶۷/۶۳% تغییرات ناشی از متغیرهای Na, Cl و TDS 
می باشند که وجود این عناصر در منابع آب منطقه مورد مطالعه ناشی از عناصر موجود در گنبد نمکی میباشد. همچنین بررسی آماری انجام گرفته با نرم افزار SPSS وجود اختلاف معنی دار در سطح ۱% بین عناصر و متغیرهای کیفی EC, SAR, Cl، آنیونها و کاتیونها و اختلاف معنیدار در سطح ۵% در عنصر Na را در بالادست و پایین دست گنبد نمکی نشان میدهد نمودارهای ویلکوکس رسم شده حاکی از کیفیت نامناسب منابع آبی موجود در منطقه برای مصارف کشاورزی میباشد که طی سالیان ۸۱-۸۸ کیفیت آن بخصوص در منابع آبی پایین دست گنبد نمکی بشدت کاهش یافته است. مطالعات خاکهای سطحی و عمقی منطقه نیز شوری بسبار بالای خاک سطحی و عمق اول و دوم را نسبت به اعماق پایین تر خاک نشان میدهد. که آبیاری با آبهای شور نیز بر شور شدن اراضی می افزاید و موجب کاهش بازدهی اراضی زراعی ورها کردن این اراضی به علت عدم بهرهوری اقتصادی و در نهایت تشدید بیابان زایی در منطقه میگردد. با توجه به مطالب فوق میتوان نتیجه گرفت گنبدنمکی بیابانک تاثیر شدیدی در تخریب منابع طبیعی منطقه دارد.