شناسایی مسیرها و ژن‎های کاندید مقاومت به بیماری آسکوکیتا در یک واریته موتانت نخود به روش آنالیز RNA-Seq

Publish Year: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 162

This Paper With 7 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JCB-12-33_007

تاریخ نمایه سازی: 17 مهر 1400

Abstract:

  نخود در طول دوره رشد با تنش های زیستی و غیرزیستی مختلفی درگیر است. سوختگی آسکوکیتایی یکی از مخرب ترین تنش های زیستی کاهنده عملکرد این محصول می باشد. اصلاح برای دست یابی به ارقام مقاوم مهم ترین روش برای مقابله با این بیماری است. بررسی الگوی بیان ژن‎ها و مشخص کردن ژن‎های مقاوم به بیماری با استفاده از تکنیک RNA-Seq اطلاعات ارزشمندی را در اختیار اصلاحگران قرار می دهد. در این تحقیق الگوی بیان دو واریته حساس (C-۷۲۷) و مقاوم (C-۸۸) به بیماری آسکوکیتا تحت آلودگی، مورد بررسی قرار گرفت. استخراج RNA از برگ های گیاهان تحت بیماری آسکوکیتا انجام گرفته به همین منظور سه نمونه بیولوژیک ادغام شده و یک نمونه از هر واریته مورد توالی یابی قرار گرفت. توالی یابی با Illomina HiSeq انجام شد. و کتابخانه RNA عاری از RNA ریبوزومی تهیه گردید درنتیجه ۸۲۸۴۸۲۵۰ خوانش از CM-۸۸ و ۷۲۳۴۶۶۸۰ خوانش از C-۷۲۷ به دست آمد. در مجموع ۳۱۰۶ ژن با بیان افتراقی مشخص گردید. از این بین ۱۵۴۶ ژن در CM-۸۸ نسبت به C-۷۲۷ کاهش بیان و ۱۵۶۰ ژن افزایش بیان داشتند. پس از آنالیز KEGG، ۱۲۸۵ ژن در ۱۲۲ مسیر زیستی KEGG قرار گرفتند. از ۱۲۸۵ ژن، ۶۲۷ ژن در واریته CM-۸۸ نسبت به واریته C-۷۲۷ کاهش بیان داشته و ۶۰۷ ژن افزایش بیان داشتند. نتایج آنالیز KEGG نشان داد مسیر N-Glycan biosynthesis، مسیر سنتز اسید آمینه آرژنین و یک عامل رونویسی که در القای هورمون های مربوط به سیگنال های دفاعی نقش دارند ممکن است در مقاومت به بیماری آسکوکیتا در واریته های مورد مطالعه نقش داشته باشند.  

Authors

معصومه سبکباری ابرغان

Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources

خلیل زینلی نژاد

Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources

حسن سلطانلو

Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • Ahmad, F., P.M. Gaur and J. Croser. ۲۰۰۵. Chickpea (Cicer ...
  • Arrigoni, O. and M.C. De Tullio. ۲۰۰۰. The role of ...
  • Chen, W. and K.B. Singh. ۱۹۹۹. The auxin, hydrogen peroxide ...
  • Conklin, P.L. and C. Barth. ۲۰۰۴. Ascorbic acid, a familiar ...
  • Dar, M.I., M.I. Naikoo, F. Rehman, F. Naushin and F.A. ...
  • Dias, C.V., J.S. Mendes, A.C. Dos Santos, C.P. Pirovani, A. ...
  • Dündar, F., L. Skrabanek and P. Zumbo. ۲۰۱۵. Introduction to ...
  • Food and Agriculture Organization (FAO). ۲۰۱۹. FAOSTAT Statistical Database of ...
  • Farid, A., F.G. Malinovsky, C. Veit, J. Schoberer, C, Zipfel ...
  • Foley, R.C. and K.B. Singh. ۲۰۰۴. TGA۵ acts as a ...
  • Gao, X.D., H. Tachikawa, T. Sato, Y. Jigami and N. ...
  • Hameed, A., A. Saddiqa, S. Nadeem., N. Iqbal., B.M. Atta ...
  • Kátay, G., E. Tyihak and E. Kátay. ۲۰۱۱. Effect of ...
  • Jazayeri, S.M., R.A.H. Mauricio and L.M. Melgarejo. ۲۰۱۲. RNA-Seq: advantages, ...
  • Low, P.S. ۱۹۸۵. Molecular basis of the biological compatibility of ...
  • Pande, S., M. Sharma., P.M. Gaur and C.L.L. Gowda. ۲۰۱۰. ...
  • Qamar, A., K. Mysore and M. Senthil-Kumar. ۲۰۱۵. Role of ...
  • Randhawa, N., J. Kaur, S. Singh and I. Singh. ۲۰۱۴. ...
  • Reddy, M.V. and K.B. Singh. ۱۹۹۰. Management of Ascochyta blight ...
  • Tattersall, E.A., A. Ergul, F. AlKayal, L. DeLuc, J.C. Cushman ...
  • Upasani, M.L., B.M. Limaye, G.S. Gurjar, S.M. Kasibhatla, R.R. Joshi, ...
  • Wagner, U., R. Edwards, D.P. Dixon and F. Mauch. ۲۰۰۲. ...
  • Wang, W., Y. Dai, M. Wang, W. Yang and D. ...
  • Wang, Y., Z. Zhou, J. Gao, Y. Wu, Z. Xia, ...
  • Wei, G.U.O. and A.H. Shirsat. ۲۰۰۶. Extensin over‐expression in Arabidopsis ...
  • Winter, G., C.D. Todd, M. Trovato, G. Forlani and D. ...
  • Xie, D., L. Ma, J. Šamaj and C. Xu. ۲۰۱۱. ...
  • Xiong, H., H. Guo, Y. Xie, L. Zhao, J. Gu, ...
  • Zander, M., S. La Camera, O. Lamotte, J.P. Métraux and ...
  • Ahmad, F., P.M. Gaur and J. Croser. ۲۰۰۵. Chickpea (Cicer ...
  • Arrigoni, O. and M.C. De Tullio. ۲۰۰۰. The role of ...
  • Chen, W. and K.B. Singh. ۱۹۹۹. The auxin, hydrogen peroxide ...
  • Conklin, P.L. and C. Barth. ۲۰۰۴. Ascorbic acid, a familiar ...
  • Dar, M.I., M.I. Naikoo, F. Rehman, F. Naushin and F.A. ...
  • Dias, C.V., J.S. Mendes, A.C. Dos Santos, C.P. Pirovani, A. ...
  • Dündar, F., L. Skrabanek and P. Zumbo. ۲۰۱۵. Introduction to ...
  • Food and Agriculture Organization (FAO). ۲۰۱۹. FAOSTAT Statistical Database of ...
  • Farid, A., F.G. Malinovsky, C. Veit, J. Schoberer, C, Zipfel ...
  • Foley, R.C. and K.B. Singh. ۲۰۰۴. TGA۵ acts as a ...
  • Gao, X.D., H. Tachikawa, T. Sato, Y. Jigami and N. ...
  • Hameed, A., A. Saddiqa, S. Nadeem., N. Iqbal., B.M. Atta ...
  • Kátay, G., E. Tyihak and E. Kátay. ۲۰۱۱. Effect of ...
  • Jazayeri, S.M., R.A.H. Mauricio and L.M. Melgarejo. ۲۰۱۲. RNA-Seq: advantages, ...
  • Low, P.S. ۱۹۸۵. Molecular basis of the biological compatibility of ...
  • Pande, S., M. Sharma., P.M. Gaur and C.L.L. Gowda. ۲۰۱۰. ...
  • Qamar, A., K. Mysore and M. Senthil-Kumar. ۲۰۱۵. Role of ...
  • Randhawa, N., J. Kaur, S. Singh and I. Singh. ۲۰۱۴. ...
  • Reddy, M.V. and K.B. Singh. ۱۹۹۰. Management of Ascochyta blight ...
  • Tattersall, E.A., A. Ergul, F. AlKayal, L. DeLuc, J.C. Cushman ...
  • Upasani, M.L., B.M. Limaye, G.S. Gurjar, S.M. Kasibhatla, R.R. Joshi, ...
  • Wagner, U., R. Edwards, D.P. Dixon and F. Mauch. ۲۰۰۲. ...
  • Wang, W., Y. Dai, M. Wang, W. Yang and D. ...
  • Wang, Y., Z. Zhou, J. Gao, Y. Wu, Z. Xia, ...
  • Wei, G.U.O. and A.H. Shirsat. ۲۰۰۶. Extensin over‐expression in Arabidopsis ...
  • Winter, G., C.D. Todd, M. Trovato, G. Forlani and D. ...
  • Xie, D., L. Ma, J. Šamaj and C. Xu. ۲۰۱۱. ...
  • Xiong, H., H. Guo, Y. Xie, L. Zhao, J. Gu, ...
  • Zander, M., S. La Camera, O. Lamotte, J.P. Métraux and ...
  • نمایش کامل مراجع