مقایسه روش های بیزی در ارزیابی ژنومی با معماری متفاوت ژنتیکی

هد ف از پژوهش حاضر، مقایسه روش­های گوناگون بیزی (پارامتری) در پیش بینی ارزش­های اصلاحی ژنومی برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت در توزیع مختلف اثرات ژنی، تعداد جایگاه­های صفات کمی، وراثت پذیری و تعداد افراد جمعیت مرجع با استفاده از داده­های شبیه سازی بود. ژنومی حاوی ۳ کروموزوم هر یک به طول ۱۰۰ سانتی مورگان روی هر کروموزوم با ۱۰۰۰ نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) با فواصل نشانگری یکسان از یکدیگر شبیه سازی شدند. توزیع متفاوت اثرات ژنی (یکنواخت، نرمال و گاما)، سه سطح تعداد QTL (۵۰، ۲۰۰ و ۴۰۰)، دو سطح وراثت پذیری (۱۶/۰ و ۵/۰ ) و دو سطح تعداد افراد جمعیت مرجع (۱۰۰۰ و ۲۰۰۰) به عنوان فرضیه­های شبیه سازی صفت، درنظر گرفته شدند. به منظور پیش بینی ارزش­های اصلاحی افراد موجود در جمعیت­های مرجع و تایید، از پنج روش بیزی شامل بیز ریج رگرسیون (BRR)۱، بیز A، بیز L (LASSO)۲، بیز Cπ و بیز B استفاده شد. با افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و کاندیدا­های انتخاب به علت برهم خوردن فاز لینکاژ، صحت ارزش­های اصلاحی ژنومیک در همه روش­ها کاهش نشان داد. با افزایش وراثت پذیری از ۱۶/۰ به ۵/۰ در تمام روش­ها افزایش صحت ارزش­های اصلاحی ژنومی کاملا مشهود و حدود ۲۰/۰ بود. زمانی که تعداد افراد جمعیت مرجع از ۱۰۰۰ به ۲۰۰۰ افزایش یافت تمام روش­ها افزایش صحتی نزدیک به ۱۸/۰ را نشان دادند. زمانی که توزیع اثرات ژنی گاما بود، روش بیز A در مقایسه با سایر روش­ها در هر دو سطح از مقدار وراثت پذیری، برتری آشکاری را نشان داد. زمانی که توزیع اثرات ژنی یکنواخت بود تمام روش­ها صحت مشابهی را نشان دادند. برای صفاتی با وراثت پذیری بالا، با افزایش تعداد QTL از ۵۰ به ۲۰۰ صحت تخمین­ها کاهش یافت. ولی در صفاتی با وراثت پذیری پایین، تاثیر مشهودی در صحت ارزش­های اصلاحی ژنومی مشاهده نشد.

Keywords:

Bayesian methods , Genomic breeding values , Genetic architecture , Genome , QTL , ارزش اصلاحی ژنومی , جایگاه های صفت کمی , روش های بیزی , معماری ژنتیکی و ژنوم