مقایسه روش های بیزی در ارزیابی ژنومی با معماری متفاوت ژنتیکی
عنوان مقاله: مقایسه روش های بیزی در ارزیابی ژنومی با معماری متفاوت ژنتیکی
شناسه ملی مقاله: JR_RAP-8-18_022
منتشر شده در در سال 1396
شناسه ملی مقاله: JR_RAP-8-18_022
منتشر شده در در سال 1396
مشخصات نویسندگان مقاله:
حمید صاحب علم
محسن قلی زاده
حسن حافظیان
ایوب فرهادی
خلاصه مقاله:
حمید صاحب علم
محسن قلی زاده
حسن حافظیان
ایوب فرهادی
هد ف از پژوهش حاضر، مقایسه روشهای گوناگون بیزی (پارامتری) در پیش بینی ارزشهای اصلاحی ژنومی برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت در توزیع مختلف اثرات ژنی، تعداد جایگاههای صفات کمی، وراثت پذیری و تعداد افراد جمعیت مرجع با استفاده از دادههای شبیه سازی بود. ژنومی حاوی ۳ کروموزوم هر یک به طول ۱۰۰ سانتی مورگان روی هر کروموزوم با ۱۰۰۰ نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) با فواصل نشانگری یکسان از یکدیگر شبیه سازی شدند. توزیع متفاوت اثرات ژنی (یکنواخت، نرمال و گاما)، سه سطح تعداد QTL (۵۰، ۲۰۰ و ۴۰۰)، دو سطح وراثت پذیری (۱۶/۰ و ۵/۰ ) و دو سطح تعداد افراد جمعیت مرجع (۱۰۰۰ و ۲۰۰۰) به عنوان فرضیههای شبیه سازی صفت، درنظر گرفته شدند. به منظور پیش بینی ارزشهای اصلاحی افراد موجود در جمعیتهای مرجع و تایید، از پنج روش بیزی شامل بیز ریج رگرسیون (BRR)۱، بیز A، بیز L (LASSO)۲، بیز Cπ و بیز B استفاده شد. با افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و کاندیداهای انتخاب به علت برهم خوردن فاز لینکاژ، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومیک در همه روشها کاهش نشان داد. با افزایش وراثت پذیری از ۱۶/۰ به ۵/۰ در تمام روشها افزایش صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی کاملا مشهود و حدود ۲۰/۰ بود. زمانی که تعداد افراد جمعیت مرجع از ۱۰۰۰ به ۲۰۰۰ افزایش یافت تمام روشها افزایش صحتی نزدیک به ۱۸/۰ را نشان دادند. زمانی که توزیع اثرات ژنی گاما بود، روش بیز A در مقایسه با سایر روشها در هر دو سطح از مقدار وراثت پذیری، برتری آشکاری را نشان داد. زمانی که توزیع اثرات ژنی یکنواخت بود تمام
روشها صحت مشابهی را نشان دادند. برای صفاتی با وراثت پذیری بالا، با افزایش تعداد QTL از ۵۰ به ۲۰۰ صحت تخمینها کاهش یافت. ولی در صفاتی با وراثت پذیری پایین، تاثیر مشهودی در صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی مشاهده نشد.
کلمات کلیدی: Bayesian methods, Genomic breeding values, Genetic architecture, Genome, QTL, ارزش اصلاحی ژنومی, جایگاه های صفت کمی, روش های بیزی, معماری ژنتیکی و ژنوم
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1285133/