بررسی ساختار جمعیتی گاوهای بومی ایران با استفاده از تحلیل افتراقی مولفه های اصلی
Publish place: Research on Animal Production، Vol: 8، Issue: 17
Publish Year: 1396
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 156
This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-8-17_023
تاریخ نمایه سازی: 17 مهر 1400
Abstract:
مدیریت موثر منابع ژنتیکی در دامهای اهلی مبتنی بر شناخت ساختار و تنوع ژنتیکی جمعیتها است. به کارگیری دادههای حجیم ژنومی جهت شناسایی ارتباط ژنتیکی میان جمعیتها نیازمند استفاده از روشهایی است که ابعاد و پیچیدگی این دادهها را کاهش دهند. هدف از تحقیق حاضر استفاده از روش تحلیل افتراقی مولفه های اصلی جهت بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران بر اساس دادههای حاصل از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی بوده است. تعداد ۹۰ راس گاو از هشت جمعیت مختلف از گاوهای بومی کشور شامل نژادهای سرابی، سیستانی، کردی، کرمانی، مازندرانی، تالشی، نجدی و پارس مورد نمونهبرداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونهها با استفاده از Illumina BovineHD SNP chip شامل ۷۷۷۹۶۲ جایگاه SNP انجام گرفت. فواصل ژنتیکی میان نژادهای مختلف بر اساس تفاوت در فراوانیهای آللی جمعیتها تعیین شد. تحلیل افتراقی مولفه های اصلی به کمک بسته adegenet در نرمافزار R بر روی دادهها اجرا شد. دو نژاد پارس و کرمانی کمترین فاصله ژنتیکی را در بین نژادهای مورد بررسی داشتند و بیشترین فاصله ژنتیکی میان دو نژاد کردی و سیستانی مشاهده شد. تعداد سه خوشه ژنتیکی بر اساس روش K-means به عنوان مناسبترین تعداد گروه استنتاج شده جهت اجرای تحلیل افتراقی مولفه های اصلی مورد انتخاب قرار گرفت. نتایج این تحقیق وجود سه گروه ژنتیکی عمده را در بین گاوهای بومی ایران ثابت کرد. جمعیتهای مازندرانی و تالشی در انطباق با توزیع جغرافیایی این نژادها، در خوشه یکسانی قرار گرفتند. همچنین، نژادهای پراکنده شده در مناطق کوهستانی شمال غرب کشور (سرابی و کردی) و نژادهای مناطق جنوبی کشور (سیستانی، کرمانی، پارس و نجدی) دو گروه ژنتیکی متمایز دیگر را تشکیل دادند. تحلیل افتراقی مولفه های اصلی به خوبی توانست موجب تفکیک گروههای ژنتیکی مرتبط با افراد نژادهای مختلف شود. ساختار ژنتیکی شناسایی شده در پژوهش حاضر میتواند در طراحی برنامههای حفاظت ژنتیکی برای گاوهای بومی ایران به کار گرفته شود.
Keywords:
Discriminant analysis of principal components , Data dimensionality reduction , Iranian native cattle , Single nucleotide polymorphism , تحلیل افتراقی مولفه های اصلی , کاهش ابعاد داده ها , چندشکلی تک نوکلئوتیدی , گاوهای بومی ایران
Authors
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :