شناسایی RNA های غیرکدکننده کوتاه  عملکردی با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی  در گوسفند و بز

عاطفه سیددخت; حامد احمدی; علی اصغر اسلمی نژاد; علی مسعودی نژاد; محمدرضا نصیری; بلال صادقی

شناسایی RNA های غیرکدکننده کوتاه عملکردی با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی در گوسفند و بز

Publish place: Research on Animal Production، Vol: 8، Issue: 15

Publish Year: 1396

نوع سند: مقاله ژورنالی

زبان: Persian

This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download

دریافت فایل کامل Paper

Certificate
من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

https://civilica.com/doc/1285206

شناسه ملی سند علمی:

JR_RAP-8-15_021

تاریخ نمایه سازی: 17 مهر 1400

Abstract:

microRNAها، RNAهای غیرکدکنندهای هستند که در تنظیمات پس از رونویسی نقشهای مهمی را بازی میکنند. آنها بیان ژنها را بهوسیله مسیرهای تداخلی RNA، از طریق برش یا مهار ترجمه mRNA هدف تنظیم میکنند. نقشهای مهمی برای miRNAها در روند تکاملی حیوانات مختلف گزارش شده است، اما اطلاعات محدودی در مورد miRNAهای گوسفند و بز وجود دارد. گوسفند و بز مدلی مناسب برای مطالعات ژنومیک مقایسهای و بیولوژیکی در نشخوارکنندگان هستند. شناساییmiRNA ها برای درک مکانیسم بیولوژیکی آنها بسیار حیاتی است. روشهای شناسایی محاسباتی، روشهای آزمایشگاهی را برای شناسایی سریعتر RNAهای غیرکدکننده در ژنومهای جدید، که اغلب تحت شرایط ویژه در انواع مختلفی از سلولها نسخه برداری میشوند را تکمیل میکنند. اخیرا روشهای یادگیری ماشین برای پیشبینی ژنهای miRNA جدید استفاده میشود. در این پژوهش یک طبقهبندیکننده جدید بر اساس SVM معرفی شد. این طبقهبندیکننده دقت بالا، حساسیت متعادل و اختصاصیت برای مجموعه داده miRNA را نشان میدهد که ابزاری ایدهآل، برای شناسایی miRNAها در دادههای ترانسکریپتوم محسوب میشود. ما در این پژوهش یک زیرمجموعه از ویژگیهای بهینه شامل ۲۰ ویژگی را با استفاده از ماشین بردار پشتیبان (SVM) ایجاد کردیم. سپس با استفاده از برنامه C#، ویژگیهای استخراج شده برای دادههای آموزشی محاسبه شد. در این پژوهش، مدل هوشمند ماشین بردار پشتیبان با کرنل RBF و الگوریتم یادگیری SMO بهترین دسته بندی کننده برای پیش بینی ژن های microRNA در گوسفند و بز معرفی شد. حساسیت و اختصاصیت این مدل به ترتیب ۸۸ و ۸۵ درصد به دست آمد. سپس یک روش محاسباتی بر اساس آنالیز EST برای تشخیص miRNAهای بالغ گوسفند و بز مورد استفاده قرار گرفت. در کروموزوم یک گوسفند، ۲۳ کاندید miRNA و در بز ۱۵ miRNA از جستجوی همسانی شناسایی شد. نتایج نشان داد که مدل مورد استفاده ما میتواند دقت بالایی در شناسایی miRNAهای گوسفند و بز ارائه دهد و نیز اطلاعات مفیدی را در زمینه عملکرد بیولوژیکی آنها در گونههای نشخوارکنندگان فراهم آورد.

Keywords:

Pre-miRNA Genes , Ruminants , Sheep and Goat , Support Vector Machine , نشخوارکنندگان , microRNA پیش ساز , ماشین بردار پشتیبان , گوسفند و بز

Authors

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Ambros, V. ۲۰۰۴. The functions of animal micrornas. Nature, ۴۳۱: ...
Ambros, V., B. Bartel, D.P. Bartel, C.B. Burge, J.C. Carrington, ...
Barozai, M.Y.K., I.A. Baloch and M. Din. ۲۰۱۱a. Computational identification ...
Barozai, M.Y.K., I.A. Baloch and M. Din. ۲۰۱۲. Identification of ...
Barozai, M.Y.K., M. Din and I.A. Baloch. ۲۰۱۱b. Identification of ...
Bartel, D.P. ۲۰۰۴. MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell ...
Berezikov, E., G. Van Tetering, M. Verheul, L. Van Laake, ...
Burnside, J., M. Ouyang, A. Anderson, E. Bernberg, C. Lu, ...
Chen, C.Z., L. Li, H.F. Lodish and D.P. Bartel. ۲۰۰۴. ...
Clop, A., F. Marcq, H. Takeda, D. Pirottin, X. Tordoir, ...
Coutinho, L.L., L.K. Matukumalli, T.S. Sonstegard, C.P. Van Tassell, L.C. ...
Crooks, G.E., G. Hon, J.M. Chandonia and S.E. Brenner. ۲۰۰۴. ...
Eddy, S.R. ۲۰۰۴. How do rna folding algorithms work? nature ...
Enright, A.J., B. John, U. Gaul, T. Tuschl, C. Sander ...
Filipowicz, W., S.N. Bhattacharyya and N. Sonenberg. ۲۰۰۸. Mechanisms of ...
Friedman, R.C., K.K.H. Farh, C.B. Burge and D.P. Bartel. ۲۰۰۹. ...
Gaidatzis, D., E. Van Nimwegen, J. Hausser and M. Zavolan. ...
Glazov, E.A., P.A. Cottee, W.C. Barris, R.J. Moore, B.P. Dalrymple ...
Glazov, E.A., K. Kongsuwan, W. Assavalapsakul, P.F. Horwood, N. Mitter ...
Hall, T.A. ۱۹۹۹. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor ...
Hofacker, I.L. ۲۰۰۳. Vienna rna secondary structure server. Nucleic Acids ...
Hossain, M.M., N. Ghanem, M. Hoelker, F. Rings, C. Phatsara, ...
Huang, J., Z. Ju, Q. Li, Q. Hou, C. Wang, ...
Huang, T.H., B. Fan, M.F. Rothschild, Z.L. Hu, K. Li ...
Huang, Y., Q. Zou, S.M. Tang, L.G. Wang and X.J. ...
Kidner, C.A. and R.A. Martienssen. ۲۰۰۵. The developmental role of ...
Kloosterman, W.P. and R.H.A. Plasterk. ۲۰۰۶. The diverse functions of ...
Krek, A., D. Grün, M.N. Poy, R. Wolf, L. Rosenberg, ...
Krützfeldt, J., N. Rajewsky, R. Braich, K.G. Rajeev, T. Tuschl, ...
Lagos-Quintana, M., R. Rauhut, W. Lendeckel and T. Tuschl. ۲۰۰۱. ...
Lagos-Quintana, M., R. Rauhut, A. Yalcin, J. Meyer, W. Lendeckel ...
Larkin, M., G. Blackshields, N. Brown, R. Chenna, P. McGettigan, ...
Lau, N.C., L.P. Lim, E.G. Weinstein and D.P. Bartel. ۲۰۰۱. ...
Lee, R., R. Feinbaum, and V. Ambros. ۲۰۰۴a. A short ...
Lee, R. C., R.L. Feinbaum and V. Ambros. ۱۹۹۳. The ...
Lee, Y., C. Ahn, J. Han, H. Choi, J. Kim, ...
Lee, Y., M. Kim, J. Han, K.H. Yeom, S. Lee, ...
Lewis, B. ۲۰۰۳. Prediction of Mammalian MicroRNA targets., et al. ...
Ling, Y.H., J.P. Ding, X.D. Zhang, L.J. Wang, Y.H. Zhang, ...
Long, J.E. and H.X. Chen. ۲۰۰۹. Identification and Characteristics of ...
Mathews, D.H., J. Sabina, M. Zuker and D.H. Turner. ۱۹۹۹. ...
Nilsen, T.W. ۲۰۰۷. Mechanisms of MicroRNA-Mediated Gene Regulation in Animal ...
Pillai, R.S., S.N. Bhattacharyya and W. Filipowicz. ۲۰۰۷. Repression of ...
Plasterk, R.H.A. ۲۰۰۶. Micro RNAs in Animal Development. Cell, ۱۲۴: ...
Place R.F., L.C. Li, D. Pookot, E.J. Noonan and R. ...
Ramachandra, R.K., M. Salem, S. Gahr, C.E. Rexroad and J. ...
Rehmsmeier, M., P. Steffen, M. Hochsmann and R. Giegerich. ۲۰۰۴. ...
Sheng, X., X. Song, Y. Yu, L. Niu, S. Li, ...
Singh, J. and J. Nagaraju. ۲۰۰۸. In silico prediction and ...
Sinha, S., T. Vasulu and R.K. De. ۲۰۰۹. Performance and ...
Strozzi, F., R. Mazza, R. Malinverni and J. Williams. ۲۰۰۹. ...
Tesfaye, D., D. Worku, F. Rings, C. Phatsara, E. Tholen, ...
Wei, Y., S. Chen, P. Yang, Z. Ma and L. ...
Wightman, B., I. Ha and G. Ruvkun. ۱۹۹۳. Posttranscriptional Regulation ...
Winter, J., S. Jung, S. Keller, R.I. Gregory and S. ...
Yekta, S., I. Shih and D.P. Bartel. ۲۰۰۴. MicroRNA-Directed cleavage ...
Yoon, S. and G.D. Micheli. ۲۰۰۶. Computational Identification of MicroRNAs ...
Yousef, M., L. Showe and M. Showe. ۲۰۰۹. A study ...
Zhang, B., X. Pan, Q. Wang, G.P. Cobb and T.A. ...
Zhang, Y., J. Wang, S. Huang, X. Zhu, J. Liu. ...
Zuker, M. ۲۰۰۳. Mfold web server for nucleic acid folding ...
Ambros, V. ۲۰۰۴. The functions of animal micrornas. Nature, ۴۳۱: ...
Ambros, V., B. Bartel, D.P. Bartel, C.B. Burge, J.C. Carrington, ...
Barozai, M.Y.K., I.A. Baloch and M. Din. ۲۰۱۱a. Computational identification ...
Barozai, M.Y.K., I.A. Baloch and M. Din. ۲۰۱۲. Identification of ...
Barozai, M.Y.K., M. Din and I.A. Baloch. ۲۰۱۱b. Identification of ...
Bartel, D.P. ۲۰۰۴. MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell ...
Berezikov, E., G. Van Tetering, M. Verheul, L. Van Laake, ...
Burnside, J., M. Ouyang, A. Anderson, E. Bernberg, C. Lu, ...
Chen, C.Z., L. Li, H.F. Lodish and D.P. Bartel. ۲۰۰۴. ...
Clop, A., F. Marcq, H. Takeda, D. Pirottin, X. Tordoir, ...
Coutinho, L.L., L.K. Matukumalli, T.S. Sonstegard, C.P. Van Tassell, L.C. ...
Crooks, G.E., G. Hon, J.M. Chandonia and S.E. Brenner. ۲۰۰۴. ...
Eddy, S.R. ۲۰۰۴. How do rna folding algorithms work? nature ...
Enright, A.J., B. John, U. Gaul, T. Tuschl, C. Sander ...
Filipowicz, W., S.N. Bhattacharyya and N. Sonenberg. ۲۰۰۸. Mechanisms of ...
Friedman, R.C., K.K.H. Farh, C.B. Burge and D.P. Bartel. ۲۰۰۹. ...
Gaidatzis, D., E. Van Nimwegen, J. Hausser and M. Zavolan. ...
Glazov, E.A., P.A. Cottee, W.C. Barris, R.J. Moore, B.P. Dalrymple ...
Glazov, E.A., K. Kongsuwan, W. Assavalapsakul, P.F. Horwood, N. Mitter ...
Hall, T.A. ۱۹۹۹. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor ...
Hofacker, I.L. ۲۰۰۳. Vienna rna secondary structure server. Nucleic Acids ...
Hossain, M.M., N. Ghanem, M. Hoelker, F. Rings, C. Phatsara, ...
Huang, J., Z. Ju, Q. Li, Q. Hou, C. Wang, ...
Huang, T.H., B. Fan, M.F. Rothschild, Z.L. Hu, K. Li ...
Huang, Y., Q. Zou, S.M. Tang, L.G. Wang and X.J. ...
Kidner, C.A. and R.A. Martienssen. ۲۰۰۵. The developmental role of ...
Kloosterman, W.P. and R.H.A. Plasterk. ۲۰۰۶. The diverse functions of ...
Krek, A., D. Grün, M.N. Poy, R. Wolf, L. Rosenberg, ...
Krützfeldt, J., N. Rajewsky, R. Braich, K.G. Rajeev, T. Tuschl, ...
Lagos-Quintana, M., R. Rauhut, W. Lendeckel and T. Tuschl. ۲۰۰۱. ...
Lagos-Quintana, M., R. Rauhut, A. Yalcin, J. Meyer, W. Lendeckel ...
Larkin, M., G. Blackshields, N. Brown, R. Chenna, P. McGettigan, ...
Lau, N.C., L.P. Lim, E.G. Weinstein and D.P. Bartel. ۲۰۰۱. ...
Lee, R., R. Feinbaum, and V. Ambros. ۲۰۰۴a. A short ...
Lee, R. C., R.L. Feinbaum and V. Ambros. ۱۹۹۳. The ...
Lee, Y., C. Ahn, J. Han, H. Choi, J. Kim, ...
Lee, Y., M. Kim, J. Han, K.H. Yeom, S. Lee, ...
Lewis, B. ۲۰۰۳. Prediction of Mammalian MicroRNA targets., et al. ...
Ling, Y.H., J.P. Ding, X.D. Zhang, L.J. Wang, Y.H. Zhang, ...
Long, J.E. and H.X. Chen. ۲۰۰۹. Identification and Characteristics of ...
Mathews, D.H., J. Sabina, M. Zuker and D.H. Turner. ۱۹۹۹. ...
Nilsen, T.W. ۲۰۰۷. Mechanisms of MicroRNA-Mediated Gene Regulation in Animal ...
Pillai, R.S., S.N. Bhattacharyya and W. Filipowicz. ۲۰۰۷. Repression of ...
Plasterk, R.H.A. ۲۰۰۶. Micro RNAs in Animal Development. Cell, ۱۲۴: ...
Place R.F., L.C. Li, D. Pookot, E.J. Noonan and R. ...
Ramachandra, R.K., M. Salem, S. Gahr, C.E. Rexroad and J. ...
Rehmsmeier, M., P. Steffen, M. Hochsmann and R. Giegerich. ۲۰۰۴. ...
Sheng, X., X. Song, Y. Yu, L. Niu, S. Li, ...
Singh, J. and J. Nagaraju. ۲۰۰۸. In silico prediction and ...
Sinha, S., T. Vasulu and R.K. De. ۲۰۰۹. Performance and ...
Strozzi, F., R. Mazza, R. Malinverni and J. Williams. ۲۰۰۹. ...
Tesfaye, D., D. Worku, F. Rings, C. Phatsara, E. Tholen, ...
Wei, Y., S. Chen, P. Yang, Z. Ma and L. ...
Wightman, B., I. Ha and G. Ruvkun. ۱۹۹۳. Posttranscriptional Regulation ...
Winter, J., S. Jung, S. Keller, R.I. Gregory and S. ...
Yekta, S., I. Shih and D.P. Bartel. ۲۰۰۴. MicroRNA-Directed cleavage ...
Yoon, S. and G.D. Micheli. ۲۰۰۶. Computational Identification of MicroRNAs ...
Yousef, M., L. Showe and M. Showe. ۲۰۰۹. A study ...
Zhang, B., X. Pan, Q. Wang, G.P. Cobb and T.A. ...
Zhang, Y., J. Wang, S. Huang, X. Zhu, J. Liu. ...
Zuker, M. ۲۰۰۳. Mfold web server for nucleic acid folding ...

نمایش کامل مراجع