مجتبی کردرستمی - دانش آموخته دکتری، گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران
بابک ربیعی - استاد، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران

برنج به عنوان یکی از مهم ترین گیاهان زراعی، کوچک ترین ژنوم را در بین غلات دارد و به عنوان یک گیاه مدل برای مطالعات ژنتیکی مطرح است. کوچک بودن ژنوم این گیاه باعث شده است که مطالعات جامعی روی آن انجام شود و در نتیجه مقدار زیادی اطلاعات به­دست آید. جمع­آوری و نگهداری مناسب این اطلاعات (داده­ها) و مدیریت هر چه بهتر داده های حاصل از آزمایش­های مختلف در قالب یک پایگاه داده­ها، جهت دسترسی محققین به آن­ها برای جلوگیری از دوباره کاری و نیز مقایسه نتایج خود با نتایج سایر محققین، از اهمیت ویژه­ای برخوردار است. برای رسیدن به این هدف، می توان از بیوانفورماتیک کمک شایان توجهی گرفت. بنابراین، ایجاد و توسعه پایگاه­های داده های تخصصی و استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک برای پردازش داده ها، سازمان دهی کارآمد، تجزیه و تحلیل و تجسم آن ها امری ضروری است. در این مقاله، پایگاه های داده­های عمده برای مطالعه بیان ژن­ها در سه سطح RNA، پروتئین و متابولوم در گیاه برنج بررسی می­شود و ویژگی های این پایگاه ها برای هر سطح مورد بحث و بررسی قرار می­گیرد.

بیوانفورماتیک, پایگاه های داده مبتنی بر وب, مسیرهای متابولیک