پویش ژنومی نشانه های انتخاب در اسب نژاد کرد
عنوان مقاله: پویش ژنومی نشانه های انتخاب در اسب نژاد کرد
شناسه ملی مقاله: JR_AEJO-10-4_014
منتشر شده در در سال 1397
شناسه ملی مقاله: JR_AEJO-10-4_014
منتشر شده در در سال 1397
مشخصات نویسندگان مقاله:
علیرضا خان احمدی - گروه علوم دامی، دانشگاه گنبد کاووس، گنبد کاووس، ایران، صندوق پستی: ۱۶۳
قدرت الله رحیمی میانجی - گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران، صندوق پستی: ۵۷۸۰
محمدحسین مرادی شهر بابک - گروه علوم دامی، پردیس دانشگاه تهران، کرج، ایران، صندوق پستی: ۴۱۱۱
سید حسن حافظیان - گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران، صندوق پستی: ۵۷۸۰
محمدباقر زندی باغچه مریم - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران، صندوق پستی: ۳۱۳
خلاصه مقاله:
علیرضا خان احمدی - گروه علوم دامی، دانشگاه گنبد کاووس، گنبد کاووس، ایران، صندوق پستی: ۱۶۳
قدرت الله رحیمی میانجی - گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران، صندوق پستی: ۵۷۸۰
محمدحسین مرادی شهر بابک - گروه علوم دامی، پردیس دانشگاه تهران، کرج، ایران، صندوق پستی: ۴۱۱۱
سید حسن حافظیان - گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران، صندوق پستی: ۵۷۸۰
محمدباقر زندی باغچه مریم - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران، صندوق پستی: ۳۱۳
انتخاب جهشهای مفید در برخی جمعیت ها سبب به جا گذاشتن نشانه هایی در سطح ژنوم می شود. به دلیل ارتباط این مناطق با صفات مهم اقتصادی شناسایی این مناطق از ژنوم از موضوعات مهم در پژوهش های ژنتیک حیوانی است. این پژوهش با هدف شناسایی مناطق ژنومی حامل نشانه های انتخاب در اسب نژاد کرد با استفاده از ریزآرایه نانویی اسب ۷۰K انجام شد. تعداد ۲۸ راس اسب نژاد کرد از مناطق مختلف کردستان و کرمانشاه انتخاب، بعد از خونگیری و استخراج DNA، تعیین ژنوتیپ شدند. جهت جستجوی نشانه های انتخاب از دو آزمونEHH و iHS در محیط R و با استفاده از بسته نرم افزاری rehh استفاده شد. به منظور بررسی ژن ها و QTLهای احتمالی در مناطق کاندیدای انتخاب، از پایگاه داده های نشانگر تک نکلئوتیدی اسب و پایگاه QTL حیوانات استفاده شد. با استفاده از آماره iHS، ۹ منطقه ژنومی روی کروموزوم های ۱۱، ۷، ۵ و ۱۵ به عنوان مناطق کاندیدای نشانه انتخاب، شناسایی شد. جهت ارزیابی اثر انتخاب در این مناطق از آماره EHH به همراه بررسی دیاگرام های شاخه بندی هاپلوتیپی و بررسی طول LD استفاده شد. روی کروموزوم های ۷ و ۱۱ مناطقی به عنوان مناطق حامل نشانه های انتخاب مثبت شناسایی شده و مناطق ژنومی روی کروموزوم های ۵ و۱۵ علی رغم فراوانی بالای آللی اثری از انتخاب مثبت اخیر در این نواحی ژنومی مشاهده نشد و آلل ها به عنوان آلل های رایج و قدیمی مشاهده شد. در این مناطق تعدادی ژن و QTL شناسایی شد که در زمینه فعالیت عضلانی، سیستم ایمنی و فعالیت های درون سلولی فعالیت دارند. بنابراین، این مناطق از ژنوم اسب کرد احتمالا هدف انتخاب مثبت بوده است.
کلمات کلیدی: پویش ژنومی, نشانه های انتخاب, اسب کرد
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1305583/