میکروRNA های پیش بینی شده جدید در ژن IGFBP۱-۶ انسانی با استفاده از تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک

مسیر سیگنالینگ گیرنده فاکتور رشد شبه انسولینی (IGF۱R) یک شبکه پیچیده و کاملا تنظیم شده است که نقش مهمی در رشد، تمایز و زنده ماندن سلول های طبیعی و همچنین تکثیر سلول های توموری دارد. در این شبکه پروتئین های متصل شونده به فاکتور رشد انسولینی (IGFBP۱-۶) عملکردهای بیولوژیکی متنوعی از جمله افزایش نیمه عمر IGF ها در سیستم گردش خون، تحویل IGF ها به بافت های هدف و تعدیل برهمکنش IGF با گیرنده ها دارند. بنابراین، microRNA ها miRNA) هایی که در ژن های IGFBP۱-۶ کدگذاری شده اند می تواند نقش مهمی در مسیر سیگنالینگ IGF۱R داشته باشند. در اینجا، miRNA های جدیدی که در ژن های IGFBP۱-۶ واقع شده اند از نظر بیوانفورماتیکی پیش بینی شده اند. برنامه های MiPRED online classifier و SSC profiler برای پیش بینی ساختار حلقه ساقه در منطقه ژنومی مورد نظر استفاده شد. برای پیش بینی جایگاه های پردازشی دروشا از CIDmiRNA همراه با برنامه SVM Microprocessor استفاده شد. پایگاه داده ای مرورگر ژنوم UCSC برای تجزیه و تحلیل وضعیت حفاظت شدگی miRNAمفروض و توالی پیش ساز آن استفاده شد. علاوه بر این، پیش بینی IGFBP۱-۶miRs با استفاده از MatureBayes، Pmirp MiRNA Spotter، MiRmat و ابزارهای آنلاینMirz نیز انجام شد. پایگاه داده Mirbase برای بررسی شباهت توالی با miRهایIGFBP۱-۶ بالغ و پیش ساز درون DNAی انسان و گونه های مختلف مرور شد.یعلاوه، RNAFOLD که الگوریتم پیش بینی ساختار RNA با حداقل انرژی (MFE)را اعمال می کند، برای پیش بینی تقریبی ساختار حلقه ساقه استفاده شد.IGFBP۱-۶ به ترتیب با طول های ۵ ، ۳۱ ، ۹ ، ۱۴ ، ۲۳ و ۴ کیلو باز دارای برخی از ساختارهای ساقه حلقه miRNA پیش بینی شده و دارای توالی های نسبتا حفاظت شده هستند. به طور کلی، شواهد بیوانفورماتیکی متعددی وجود miRNA های جدید رمزگذاری شده در ژن های IGFBP۱-۶ را نشان می دهد.

Keywords:

مسیر سیگنالینگ IGF۱R , MiPRED , CIDmiRNA و .MatureBayes