یکی از آلاینده های مهم و خطرناک در آب های زیرزمینی، نیترات است که یک خطر زیست محیطی جدی در ایران محسوب می شود. منطقه مورد بررسی آبخوان آبرفتی کرج واقع در شهرستان کرج و بخش هایی از شهرستان های ساوجبلاغ و فردیس می باشد. هدف از این پژوهش شبیه سازی وضعیت انتقال آلودگی نیترات با استفاده از روش های عددی توسط نرم افزار Visual MODFLOW Flex (کد MT۳DMS) و به مدت ۱/۱۵سال (۴۲۰ روز) و از ابتدای فروردین ماه سال ۱۳۹۵ تا انتهای اردیبهشت ماه سال ۱۳۹۶ است. نتایج حاصل از مدل سازی انتقال آلودگی نیترات حاکی از آن است که سه بخش تمرکز آلودگی نیترات در آبخوان کرج وجود دارد. بیشترین تمرکز آلودگی در شرق آبخوان و در گستره دولت آباد و ۴۰۰دستگاه (غلظت نیترات ۸۰ تا ۱۰۰ میلی گرم در لیتر) و مهرشهر و گلشهر (غلظت ۵۵ میلی گرم در لیتر) است. تمرکز آلودگی دیگری در بخش هایی از جنوب غربی آبخوان و در گستره محمد شهر (۶۰ تا ۷۰ میلی گرم در لیتر) وجود دارد. تمرکز غلظت سوم در زمین های کشاورزی مهرشهر در گستره باغ سیب مهرشهر (غلظت نیترات بیش از ۷۵ میلی گرم در لیتر) مشاهده شده است. دلیل اصلی آلودگی نیترات در آبخوان کرج در وهله ی اول فاضلاب های خانگی و صنعتی در مناطق مختلف کرج بویژه در گستره دولت آباد و سپس کودهای مصرفی در فعالیت های کشاورزی است. نتایج حاصل از پیش بینی وضعیت آلودگی نیترات در منطقه حاکی از آن است که با اجرای کامل شبکه جمع آوری فاضلاب شهری (سیستم اگو)، غلظت آلودگی نیترات به طور محسوس در مناطق شهری در دامنه ۲۰ تا ۲۵ میلی گرم در لیتر کاهش می یابد.