اثر استفاده از دو روش بیز C و بیز R بر تعداد نشانگرهای دارای اثر و بزرگی اثر آنها

هدف از این مطالعه بررسی تعداد نشانگرهای دارای اثر و بزرگی اثرات آنها در جمعیت مرجع با استفاده از روشهای بیز C و بیز R بود. برای رسیدن به این هدف از نرم افزار R و شبیه سازی تصادفی استفاده شد. برای رسیدن به عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTL ها، ابتدا یک جمعیت پایه با تعداد ۱۰۰ فرد شبیه سازی شد که این افراد ۵۰ نسل با هم آمیزش تصادفی داشتند. تعداد افراد در هر نسل ثابت در نظر گرفته شد. برای هر فرد تعداد ۱۰ کروموزوم با طول یکسان ۱مورگان در نظر گرفته شد و بر روی هر کروموزوم تعداد ۱۰۰۰ نشانگر SNP در فواصل مساوی ۰/۱ سانتی مورگان شبیه سازی شد. در نسل ۵۰ تعداد افراد به ۱۰۰۰ فرد افزایش یافت و برای این افرادیک صفت با توارث پذیری ۰/۶ شبیه سازی شد. سپس در این جمعیت اثرات نشانگرها با استفاده از یکی از روشهای بیز C و بیز R برآورد گردیده و با هم مقایسه شدند. نتایج نشان داد که در روش بیز R که دارای توزیع پیشین نرمال برای آثار نشانگرهاست، میزان انقباض اثرات نشانگرها به سمت صفر در بین همه نشانگرها یکسان است و در نتیجه برای همه نشانگرها یک اثر هر چند کوچک برآود می شود. روش بیز C اثرات نشانگرها را با شدت بیشتر و بصورت غیریکسان به سمت صفر منقبض میکند، که منجر به برآورد تعداد کمتری نشانگر دارای اثر ولی با اندازه بزرگتر می شود. در هر دو روش اثرات برآوردی نشانگرهای نزدیک QTL ها با اندازه واقعی اثرات QTL تناسبی نداشت و اثرات برآوردی یا بزرگتر و یا کوچکتر از اثرات QTL های نزدیک نشانگرها بودند.

Keywords:

نشانگر , بیز C , بیز QTL , R