مقایسه روش های تجزیه مولفه های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مولفه های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی
عنوان مقاله: مقایسه روش های تجزیه مولفه های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مولفه های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی
شناسه ملی مقاله: JR_JASR-13-3_010
منتشر شده در در سال 1400
شناسه ملی مقاله: JR_JASR-13-3_010
منتشر شده در در سال 1400
مشخصات نویسندگان مقاله:
نسرین بابایی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران.
عباس رافت - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران.
محمدحسین مرادی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران.
محمد رضا فیضی درخشی - گروه کامپیوتر، دانشکده فنی و مهندسی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران
خلاصه مقاله:
نسرین بابایی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران.
عباس رافت - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران.
محمدحسین مرادی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران.
محمد رضا فیضی درخشی - گروه کامپیوتر، دانشکده فنی و مهندسی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران
ابداع روشهای تعیین ژنوتیپ با توان بالا و مقرون به صرفه طی سالیان اخیر، امکان ارزیابی ساختار ژنتیکی و ارتباط میان جمعیتهای یک گونه را با استفاده از اطلاعات ژنومی فراهم ساخته است. بررسی ساختار جمعیتی بر اساس نشانگرهای گسترده در سطح ژنوم، اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با روابط تکاملی و دستهبندی زیرجمعیتها فراهم میکند. هدف از این تحقیق مقایسه دو روش تجزیه مولفههای اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مولفه های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار و روابط بین جمعیتی سه نژاد اسب موجود در منطقه خاورمیانه شامل آخالتکه، عرب و کاسپین بود. به این منظور از دادههای ژنومی بدست آمده از آرایههایIllumina ۵۰K SNP Beadchip در ۶۱ نمونه از این نژادها استفاده شد. این تحقیق با همکاری پروژه کنسرسیوم تنوع ژنتیکی اسب (EGDC) انجام شد و کدهای مورد نیاز برای آنالیز دادهها در نرمافزار R تهیه شدند. نتایج حاصل نشان داد که در هر دو روش ۸/۱۰ درصد واریانس توسط دو مولفه اول توجیه میشود و هر دو روش سه جمعیت را جدا از هم خوشهبندی کردند. معیار ارزیابی تعداد بهینه خوشهبندی برای روش DAPC، معیار اطلاعات بیزی (BIC) بود که تعداد K=۳ بهترین نتیجه را با کمترین BIC نشان داد. روش DAPC نسبت به روش PCA با نتایج بهتری همراه بود .در تعیین شمار بهینه K بهتر از روش PCA عمل کرد و تصویر بهتری از ارتباط بین افراد ارائه داد. همچنین در انتساب افراد به گروههای خود هر دو روش صحت بسیار خوبی ارائه دادند. در مجموع نتایج این تحقیق نشان میدهد با وجود اینکه نتایج تحقیقات گذشته این سه جمعیت را که مربوط به منطقه خاورمیانه هستند در یک خوشه از درخت همسایگی قرار میدهند، ولی با توجه به نتایج این پژوهش و با استفاده از روشهای مورد استفاده در این تحقیق، سه نژاد به صورت مجزا گروهبندی میشوند و DAPC میتواند تصویر بهتری از روابط بین جمعیتی در نژادهای اسب ارائه دهد.
کلمات کلیدی: روش های DAPC و PCA, ساختار جمعیت, نژادهای اسب خاورمیانه, نشانگرهای SNP
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1412993/