شناسایی چند شکلی های تک نوکلئوتیدی (SNP) بر روی ترانسکریپتوم گاوهای هلشتاین آمریکا و کلیستانی پاکستان
Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 210
This Paper With 7 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JASR-13-2_012
تاریخ نمایه سازی: 17 اسفند 1400
Abstract:
مطالعه در سطح ترانسکریپتوم میتواند فاصله بین ژنوتیپ و فنوتیپ را پر نموده و به درک ساز وکارهای تبدیل توالی به عملکرد کمک نمایند. در این مطالعه به منظور کشف چند شکلیهای تکنوکلئوتیدی (SNP) از دادههای RNA-Seq دو جمعیت گاوهای هلشتاین آمریکا (Bos taurus) و کلیستانی پاکستان (Bos indicus) استفاده شد. کنترل کیفیت و ویرایش دادهها توسط نرم افزارهای FASTQC و Trimmomatic انجام شد. با همردیفی و مکانیابی خوانشهای RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع گاو با استفاده از نرم افزار TopHat۲، ترانسکریپتوم تشکیل شد، سپس با استفاده از بسته نرمافزاری Samtools، آنالیز کشف SNP بر روی ترانسکریپتوم صورت گرفت که منجر به شناسایی ۵۰۱۸۳ و ۱۳۷۹۵۴ جایگاه SNP به ترتیب در گاوهای هلشتاین و کلیستانی شد، که ۱۵۳۰۸ جایگاه مشترک بود. ارتباط مستقیمی بین تعداد SNPهای یافت شده و طول کروموزومها مشاهده نشد. همچنین ۱۲ نوع SNP شناسایی شد که چهار نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل و هشت نوع جایگزینی نوکلئوتیدی غیر عامل بودند. شایعترین SNPهای شناخته شده، از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل بودند، که ۶/۷۰% در نژاد کلیستانی و ۶/۶۹% در نژاد هلشتاین وجود داشت. درمطالعه حاضر ۱۲ نوع SNP شناسایی شد. چهار نوع از SNPها، از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل وهشت نوع جایگزینی نوکلئوتیدی غیر عامل بودند. شایعترین SNPهای شناخته شده، SNPهای از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل بودند، که به ترتیب ۶/۷۰% SNPها در نژاد کلیستانی و ۶/۶۹% SNPها در نژاد هلشتاین را شامل شد. نسبت جایگزینی نوکلئوتیدی عامل به غیر عامل (Ts/Tv) SNPها در نژاد کلیستانی برابر با ۴/۲ و در نژاد هلشتاین برابر با ۳/۲ بود.
Keywords:
Authors
مژگان قاسمی ساب
گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه رازی،کرمانشاه، ایران.
شیدا ورکوهی
گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران.
محمد حسین بناءبازی
بخش پژوهشهای بیوتکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی،کرج، ایران.
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :