شناسایی کل ریزماهواره ها در ژنوم شترهای دو کوهانه ایرانی با استفاده از داده های توالی یابی کل ژنوم
عنوان مقاله: شناسایی کل ریزماهواره ها در ژنوم شترهای دو کوهانه ایرانی با استفاده از داده های توالی یابی کل ژنوم
شناسه ملی مقاله: JR_JASR-13-1_011
منتشر شده در در سال 1400
شناسه ملی مقاله: JR_JASR-13-1_011
منتشر شده در در سال 1400
مشخصات نویسندگان مقاله:
ناهیده زارع - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
نعمت هدایت ایوریق - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
رضا سیدشریفی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
رضا خلخالی - دکتری ژنتیک و اصلاح دام و طیور- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
آزاده بوستان - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران.
خلاصه مقاله:
ناهیده زارع - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
نعمت هدایت ایوریق - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
رضا سیدشریفی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
رضا خلخالی - دکتری ژنتیک و اصلاح دام و طیور- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
آزاده بوستان - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران.
شترهای دوکوهانه یکی از مقاومترین گونه های حیوانی در برابر شرایط سخت محیطی به شمار می روند که تعداد آنها در ایران در محدوده خطر قرار گرفته است. شناخت هر چه بهتر و دقیق تر این گونه، به خصوص در سطح مطالعات ژنومی، می تواند از طریق طراحی برنامه های مدیریت تنوع ژنتیکی، به حفظ این گونه کمک کند. هدف از انجام این مطالعه شناسایی ریزماهوارههای ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم بود. در مطالعه حاضر از تعداد شش نفر شتر دوکوهانه متعلق به استان اردبیل خونگیری صورت گرفت. توالییابی کامل ژنوم شترهای دوکوهانه با استفاده از پلتفرم ایلومینا و به صورت دو انتها (Paired-end) با اندازه ۱۰۰ جفت باز از هر طرف انجام شد. بعد از پالایش کیفی خوانش ها، گردآوری از نو آنها صورت گرفته و با استفاده از برنامه MISA به شناسایی تمام ریزماهوارههای ژنوم های مورد مطالعه پرداخته شد. اندازه ژنوم های گردآوری شده برای شترهای دوکوهانه مورد مطالعه، در محدوده Gb ۹۰/۱ برای نمونه یک تا Gb ۹۷/۱ برای نمونه سه قرار داشت. مقدار N۵۰ مربوط به کانتیگهای ایجاد شده برای شترهای دوکوهانه ایرانی از kb ۱/۱۹ برای نمونه یک تا kb ۷/۵۱ برای نمونه پنج متغیر بود. ریزماهوارههای شناسایی شده در اندازه یک تا هشت نوکلئوتید بودند. کل ریزماهوارههای شناسایی شده برای نمونههای شترهای دوکوهانه ایرانی در محدوده ۱۳۶۰۲۸ برای نمونه دو تا ۵۳۹۵۵۵ برای نمونه سه قرار داشت. همچنین با شناسایی ریزماهواره های هفت گونه پستاندار دیگر در این مطالعه، به مقایسه نتایج به دست آمده آنها با شتر دوکوهانه ایرانی پرداخته شد.
کلمات کلیدی: ایران, توالی یابی کل ژنوم, ریزماهواره , شتر دو کوهانه
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1413017/