شناسایی و ردیابی مولکولی Phytophthora melonis بر اساس ژنوم هسته ای و میتوکندریایی*
عنوان مقاله: شناسایی و ردیابی مولکولی Phytophthora melonis بر اساس ژنوم هسته ای و میتوکندریایی*
شناسه ملی مقاله: JR_IJPP-53-1_007
منتشر شده در در سال 1396
شناسه ملی مقاله: JR_IJPP-53-1_007
منتشر شده در در سال 1396
مشخصات نویسندگان مقاله:
سیده معصومه ذو الانواری - دانش آموخته کارشناسی ارشد
رضا مستوفی زاده قلمفرسا - استاد بیماری شناسی گیاهی و دانشیار اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز
علی دادخدایی - دانش آموخته کارشناسی ارشد دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز
خلاصه مقاله:
سیده معصومه ذو الانواری - دانش آموخته کارشناسی ارشد
رضا مستوفی زاده قلمفرسا - استاد بیماری شناسی گیاهی و دانشیار اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز
علی دادخدایی - دانش آموخته کارشناسی ارشد دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز
گونهی بیمارگر گیاهی Phytophthora melonis از نظر ریختشناختی به برخی گونههای بدون پستانک جنس Phytophthora بهخصوص P. drechsleri شباهت دارد وبنابراین تفکیک این آرایههای همگرا دشوار است. این پژوهش به منظور طراحی آغازگرهای اختصاصی P. melonis بر اساس ژنوم هستهای و میتوکندریایی، بررسی اختصاصیت آنها در برابر سایر گونههای همگرا، و بهینهسازی استفاده از این آغازگرها برای ردیابی P. melonis انجام شد. برای طراحی آغازگرهای اختصاصی گونهی P. melonis نه ژن هستهای و چهار ژن میتوکندریایی از نظر تفاوت نوکلئوتیدی مناسب بودند، بنابراین سیزده آغازگر اختصاصی طراحی و خصوصیات آنها بهینه سازی گردید. ردیابی P. melonis با استفاده از پنج جفت از آغازگرهای اختصاصی در بافت مایهزنی شدهی گیاهان میزبان آن شامل خیار، خربزه، هندوانه، چغندرقند و پسته انجام شد. با استفاده از آغازگرهای طراحی شده در واکنش زنجیره ای پلیمراز تودرتو، تا سطح یک درصد مایهی بیماریزا در خاک آلوده و زئوسپورهای بیمارگر تا غلظت۱۰ زئوسپور در میلیلیتر در آب آلوده ردیابی شدند. با بررسی اختصاصیت و حساسیت آغازگرهای طراحی شده، کارامدترین آنها مجموعهی ITS-M۲ (ترکیب آغازگرهای ITS-MF۱ و ITS-MR۲) در نظر گرفته شد. دمای همجوشی بهینه سازی شده برای این مجموعه ۶۸ درجهی سلسیوس بود. به نظر می رسد استفاده از واکنش زنجیرهای پلیمراز تودرتو با استفاده از مجموعهی ITS-M۲ به همراه آغازگرهای عمومی ITS۴ و ITS۶ در نقش آغازگرهای خارجی در حدود ۱۰۶ برابر حساستر از واکنش زنجیرهای پلیمراز مستقیم است. آزمون زنجیرهای پلیمراز چندگانه ی طراحی شده، قادر به ردیابی همزمان سه گونهی بیمارگر شامل P. melonis، P. drechsleri و P. nicotianae بود.آزمایش ها نشان داد که آغازگرهای طراحی شده ابزاری کارآمدی برای ردیابی P. melonis در بافت گیاه، خاک و آب آلوده هستند.
کلمات کلیدی: اامیکوتا, آغازگر اختصاصی, پوسیدگی ریشه, ردیابی, شناسایی
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1414172/