مقایسه روش های HRM و DGGE جهت بررسی ترکیب جوامع باکتریایی خاک در کاربری های اراضی مختلف

تغییر کاربری اراضی یکی از مهمترین فاکتورهایی است که جوامع ریزجانداران خاک را تحت تاثیر قرار داده که نقش محوری در اکثر فرایندهای بیوژئوشیمیایی و اکولوژیکی ایفا می کنند. به منظور بررسی تاثیر تغییر کاربری اراضی (از مراتع بوته زار به کشاورزی) روی ترکیب جوامع باکتریایی خاک، مطالعه ای با استفاده از آنالیز تفکیک پذیری بالای ذوب (HRM) و روش ژل الکتروفورز با شیب واسرشت­ساز (DGGE) در سه کاربری اراضی باغی، زراعی و مرتع بوته زار در دشت جیرفت انجام شد. برای آنالیز HRM از نرم‎ افزار جانبی دستگاه Real-time PCR که مجهز به این تکنیک است، استفاده شد. DGGE با استفاده از سیستم جهانی تشخیص جهش انجام شد. نتایج تکنیک HRM و همپنین نتایج رج بندی با استفاده از روش مقیاس بندی چند بعدی غیرمتریک (NMDS) و بر پایه حضور یا عدم حضور باندهای DGGE در نمونه های خاک نشان دادند که تغییر کاربری اراضی از مراتع بوته زار به کشاورزی (باغ و زراعی) سبب تغییر معنی دار در ترکیب جوامع باکتریایی خاک شده است. همچنین با توجه به نتایج هر دو روش، ترکیب جوامع باکتریایی خاک در کاربری­های اراضی کشاورزی (باغ و زراعی) نسبت به کاربری مرتع بوته زار دارای شباهت بیشتری بود. از آنجایی که آنالیز HRM در مقایسه با تکنیک DGGE کم هزینه­تر، راحت­تر و دارای انحراف کمتر می­باشد، جهت مقایسه ترکیب جوامع باکتریایی خاک بین نمونه های مختلف پیشنهاد می­شود.

Keywords:

DNA ژنومی خاک , ۱۶S rDNA باکتریایی خاک , Real-time PCR , مقیاس بندی چند بعدی غیرمتریک (NMDS)