بررسی بیوانفورماتیکی اثر ضد سرطانی ماده ی موثره سیاهدانه

مقدمه: آنزیم هیستون داستیلاز، یک خانواده بزرگ از آنزیم هایی هستند که به عنوان تنظیم کننده های کلیدی در استیلاسیون هیستون ها می باشند. این آنزیم ها سبب برداشتن گروه استیل از هیستون ها می شود که با این عمل باعث فشرده شدن ساختمان کروماتین و درنتیجه باعث خاموشی ژن می شود. هیستون داستیلازها در شروع و پیشرفت سرطان نقش مهمی دارندو با مهار این آنزیم می توان از ایجاد سرطان و تقسیم سلول های توموری جلوگیری کرد. تیموکینون ماده موثر اصلی دانه سیاهدانه می باشد که اثرات فارماکولوژی متعددی دارد. با توجه به ساختار شیمیایی ترکیب تیموکینون که دارای گروه های عاملی کتونی و بخش های هیدروفوب می باشد به نظر می رسد این ترکیب دارای توانایی اتصال به جایگاه فعال آنزیم HDAC و مهار آن باشد. هدف از این مطالعه، بررسی اثر ضدتوموری ترکیب تیموکینون در مهار آنزیم هیستون داستیلاز به روش بیوانفورماتیک می باشد.روش ها: در این پژوهش، در ابتدا ساختار ترکیب شیمیایی در نرم افزار هایپرکم ترسیم گردید و بهینه سازی انرژی با همان نرم افزار انجام گرفت، به منظور مطالعات داکینگ و مشاهده جزئیات اتصال و تجزیه و تحلیل نهایی، به ترتیب از نرم افزارهای AutoDockTools و Discovery Studio استفاده شد.یافته ها: ترکیب مورد مطالعه قادر به اتصال به جایگاه فعال آنزیم با سطح انرژی اتصال -۳,۹۰ kcal/mol می باشد. تیموکینون در جایگاه فعال آنزیم با پیوند های هیدروژنی به اسیدآمینه های His۱۸۰ وAsp۱۰۱ متصل می شود. نتیجه گیری: با توجه به این که ترکیب تیموکینون در مطالعات داکینگ، قادر به اتصال به Active site آنزیم هست می توان برای بررسی های تکمیلی اثر این ترکیب را در شرایط آزمایشگاهی مورد آنالیز قرار داد.

Keywords:

سرطان , هیستون داستیلاز , تیموکینون , مهارکننده , بررسی بیوانفورماتیکی , داکینگ مولکولی