بررسی بیوانفورماتیکی اثر تیمول در مهار پروتئاز اصلی کووید ۱۹

مقدمه : کرونا ویروس ها خانواده ای از ویروس های RNA دار وسایر نیدوویرال ها هستند و به هفتمین نسل از این بیماری COVID-۱۹ می گویند که منجر به عفونت دستگاه تنفسی می شود . پروتئاز اصلی COVID-۱۹ یا mpro یا ۳Clpro یک آنزیم کلیدی برای تکثیر کووید۱۹ است و برای پردازش پلی پروتئین هایی که از RNA ویروسی ترجمه می شوند ضروری است. تیمول یک ترکیب منوترپن فنولی بوده که خاصیت ضد باکتریایی دارد و در گیاهانی همچون آویشن موجود است . هدف از این مطالعه ، بررسی اثر مهارکنندگی تیمول بر فعالیت پروتئاز اصلی کووید(COVID-۱۹) ۱۹ به روش داکینگ مولکولی می باشد .روش ها : در این مطالعه ، برای بررسی نحوه اتصال ترکیب به جایگاه فعال آنزیم ، ترسیم ساختار شیمیایی ترکیب ، بهینه سازی انرژی ، مطالعات داکینگ و تجزیه و تحلیل های نهایی به ترتیب از نرم افزاری های : Hyperchem, AutoDockTools, DS visualizer, Lig Plot استفاده شده است .یافته ها : ترکیب مورد مطالعه ( تیمول ) با سطح انرژی -۳/۲۵ Kcal/mol در جایگاه فعال آنزیم قرار گرفت و با آمینواسید GLN۱۸۹ پیوند هیدروژنی و آمینواسید های : GLN۱۸۹ / MET۴۹ / ARG۱۸۸ / HIS۴۱ / ASP۱۸۷ برهم کنش هیدروفوبی داد.نتیجه گیری : با توجه به جهت گیری مناسب ترکیب تیمول در جایگاه فعال آنزیم در مطالعه ی بیوانفورماتیکی ، برای بررسی های تکمیلی می توان اثر این ترکیب گیاهی را در شرایط برون تنی و درون تنی مورد آنالیز قرار دارد .

Keywords:

کووید ۱۹ , تیمول , مهارکننده , مولکولار داکینگ , آنزیم۶LU۷