پویش کل ژنوم بر پایه روش آماری غنی سازی شبکه ژنی( آنالیز مسیر) مرتبط با تعداد بره متولد شده در هر زایش متعلق به گوسفند زندی

هدف: صفات تولیدمثل (مخصوصا تعداد بره متولد شده در هر زایش) یکی از مهم­ترین صفات مهم اقتصادی در سیستم­های پرورش گوسفند می­باشد. پژوهش حاضر با هدف شناسایی مناطق ژنی، ژن­های کاندیدا و مسیرهای زیستی موثر بر تعداد بره متولد شده میش نژاد زندی بر اساس آنالیز غنی­سازی مجموعه ­های ژنی بوده است. مواد و روش ها: بدین منظور، میش­های با باروری بالا با حداقل یک رکورد دوقلوزایی و میش­های دیگر با تنها رکورد­های تک قلوزا با استفاده از آرایه­های ۵۰K گوسفندی تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر در سه مرحله تعیین مکان SNPهای معنی­ دار با ژن، ارتباط ژن ­ها به طبقات عملکردی و مسیرهای بیوشیمیایی و پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر انجام می ­شود. بر این اساس، ارزیابی پویش ژنومی با استفاده از روش مورد-شاهدی در برنامه PLINK انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt۲ ژن­های معنی­داری شناسایی گردید. در نهایت، تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن­ های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن ­های کاندیدا از طریق پایگاه ­های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. نتایج: در این پژوهش، ژن­های AFP، FOXO۳، ESR۱، ESR۲، RBP۴، AURKA،DLG۱ و ZGLP۱ با تعداد بره متولد شده در هر زایش مرتبط بودند (۰۵/۰P <). در تحلیل غنی­سازی مجموعه­های ژنی، تعداد ۱۱ مسیر با صفت تعداد نتاج در هر زایش مرتبط بودند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی شده، مسیرهای Oocyte differentiation،Ovulation from ovarian follicle ، Estrogen signaling pathway و Positive regulation of peptide hormone secretion نقش مهمی در نرخ تخمک­ریزی و استروئیدوژنز تخمدانی داشتند. نتیجه گیری: با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی صفت تعداد نتاج متولد شده در هر زایش، همچنین شناسایی مناطق ژنومی جدید، آنالیز غنی­سازی مجموعه­ی ژنی درک بهتری از کنترل ژنتیکی صفت تعداد نتاج متولد شده را نشان می­دهد. استفاده از نتایج این تحقیق می­تواند سبب تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامه­های اصلاح نژادی گوسفند شود.

Keywords:

پویش ژنومی , تعداد بره در هر زایش , گوسفند , مسیرهای زیستی