پویش کل ژنوم بر پایه روش آماری غنی سازی شبکه ژنی( آنالیز مسیر) مرتبط با تعداد بره متولد شده در هر زایش متعلق به گوسفند زندی
عنوان مقاله: پویش کل ژنوم بر پایه روش آماری غنی سازی شبکه ژنی( آنالیز مسیر) مرتبط با تعداد بره متولد شده در هر زایش متعلق به گوسفند زندی
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-14-1_006
منتشر شده در در سال 1400
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-14-1_006
منتشر شده در در سال 1400
مشخصات نویسندگان مقاله:
حسین محمدی - استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران
حسین مرادی شهربابک - هیئت علمی گروه اصلاح دام دانشگاه تهران
امیر طاهری یگانه - استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
خلاصه مقاله:
حسین محمدی - استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران
حسین مرادی شهربابک - هیئت علمی گروه اصلاح دام دانشگاه تهران
امیر طاهری یگانه - استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
هدف: صفات تولیدمثل (مخصوصا تعداد بره متولد شده در هر زایش) یکی از مهمترین صفات مهم اقتصادی در سیستمهای پرورش گوسفند میباشد. پژوهش حاضر با هدف شناسایی مناطق ژنی، ژنهای کاندیدا و مسیرهای زیستی موثر بر تعداد بره متولد شده میش نژاد زندی بر اساس آنالیز غنیسازی مجموعه های ژنی بوده است. مواد و روش ها: بدین منظور، میشهای با باروری بالا با حداقل یک رکورد دوقلوزایی و میشهای دیگر با تنها رکوردهای تک قلوزا با استفاده از آرایههای ۵۰K گوسفندی تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر در سه مرحله تعیین مکان SNPهای معنی دار با ژن، ارتباط ژن ها به طبقات عملکردی و مسیرهای بیوشیمیایی و پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر انجام می شود. بر این اساس، ارزیابی پویش ژنومی با استفاده از روش مورد-شاهدی در برنامه PLINK انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt۲ ژنهای معنیداری شناسایی گردید. در نهایت، تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن های کاندیدا از طریق پایگاه های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. نتایج: در این پژوهش، ژنهای AFP، FOXO۳، ESR۱، ESR۲، RBP۴، AURKA،DLG۱ و ZGLP۱ با تعداد بره متولد شده در هر زایش مرتبط بودند (۰۵/۰P <). در تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، تعداد ۱۱ مسیر با صفت تعداد نتاج در هر زایش مرتبط بودند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی شده، مسیرهای Oocyte differentiation،Ovulation from ovarian follicle ، Estrogen signaling pathway و Positive regulation of peptide hormone secretion نقش مهمی در نرخ تخمکریزی و استروئیدوژنز تخمدانی داشتند. نتیجه گیری: با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی صفت تعداد نتاج متولد شده در هر زایش، همچنین شناسایی مناطق ژنومی جدید، آنالیز غنیسازی مجموعهی ژنی درک بهتری از کنترل ژنتیکی صفت تعداد نتاج متولد شده را نشان میدهد. استفاده از نتایج این تحقیق میتواند سبب تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامههای اصلاح نژادی گوسفند شود.
کلمات کلیدی: پویش ژنومی, تعداد بره در هر زایش, گوسفند, مسیرهای زیستی
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1431354/