بررسی بیوانفورماتیکی برهکنش فورمونونتین موجود در شبدر قرمز با پروتئاز اصلی ویروس کووید ۱۹

کرونا ویروس ها خانواده بزرگی از ویروس ها زیر مجموعه کورنا ویریده هستند که تهدید بزرگی برای سلامتی انسان می باشند. کرونا ویروس ها پس از راینو ویروس ها بزرگ ترین عامل ابتلا به سرماخوردگی هستند. ساختار این ویروس از دو لایه تشکیل سده است، هسته این ویروس را مواد ژنتیکی و لایه بیرونی آن را تاج های پروتئینی تشکیل داده اند. پس از ورود به سلول میزبان، ذره ویروس بدون پوشش بوده و ژنوم آن وارد سیتوپلاسم سلول می شود. پنج پروتئین که نقشی اساسی در عملکرد ویروس دارند، شامل پروتئین شبه کیموتریپسین CLpro۳ پروتئاز اصلی Mpro پروتئاز شبه پاپائین، پروتئین dependent RNA polymerase می باشد. شبدر قرمز یک گیاه همیشگی است که به طور معمول در اروپا ، اسیا و افریقا رشد می کند و بومی آمریکای شمالی می باشد و دارای خواص ضدباکتری و ضدویروسی است که یکی از مهم ترین فیتواستروژن های، موجود در شبدر قرمز فورمونوتنین می باشد. با توجه به نقش مهم پروتئاز اصلی کووید ۱۹ برای تکثیر ویروس، هدف از این مطالعه، بررسی اثر ضدویروسی ترکیب فورمونوتنین در مهار Mpro به روش بیوانفورماتیک می باشد. در ابتدا با استفاده از نرم افزار هایپرکم ساختار لیگاند مورد مطالعه ترسیم شد و سپس ترکیب از نظر انرژی بهینه گردیدف به منظور بررسی های بیوانفورماتیکی و مشاهده جزئیات برهم کنش ها و تجزیه و تحلیل داده ها، به ترتیب از نرم افزارهای AutoDockTools و Discovery Studio استفاده شد. پس از انجام مطالعات داکینگ ترکیب مورد مطالعه در جایگاه فعال آنزیم با سطح انرژی اتصال kcal/mol ۴.۳۳ قرار گرفت و با اسید آمینه های Gly۱۴۳ و Thr۲۶ پیوند هیدروژنی برقرار کرد. بنابراین با توجه به نتایج مطالعات in silico بهتر است لیگاند فورمونونتین مورد بررسی های بیشتری قرارگیرد.

Keywords:

فورمونونتین , داکینگ , کووید ۱۹ , اتوداک