تجزیه و تحلیل ساختاری و مولکولی پروتئین سنبله SARS-CoV-۲ بر اثر جهش نقطه ای S۴۹۴P با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی و دینامیک مولکولی

ظهور برخی جهش ها در دامنه اتصال گیرنده ویروس کوید ۱۹ (SARS-CoV-۲ (RBD)) می تواند به دلیل تغییرات ساختاری و افزایش پایداری پروتئین سنبله (spike protein)، باعث گسترش و افزایش بیماری زایی در انسان شود. با توجه به شکل گیری سویه های مختلف SARS-CoV-۲ توسط جهش ها و تاثیر فاجعه بار آنها بر سلامت عمومی، مطالعه تاثیر جهش توسط دانشمندان و محققان در سراسر جهان اجتناب ناپذیر است. طبق شواهد موجود، نوع S۴۹۴P در چندین سویه SARS-CoV-۲ از میشیگان، ایالات متحده مشاهده شده است. برای بررسی اینکه چگونه جهش طبیعی S۴۹۴P میل اتصال گیرنده را در RBD تغییر می دهد، ما تجزیه و تحلیل ساختاری پروتئین های سنبله نوع وحشی و جهش یافته را با استفاده از برخی روش های بیوانفورماتیک و ابزارهای محاسباتی انجام دادیم. نتایج نشان می دهد که جهش S۴۹۴P باعث افزایش پایداری پروتئین سنبله می شود. همچنین، بررسی داکینگ مولکولی با استفاده ازHADDOCK تمایل اتصال بالاتری به hACE۲ برای سنبله جهش یافته نسبت به نوع وحشی را نشان می دهد که احتمالا به دلیل افزایش ساختارهای ثانویه رشته بتا و Turn است که باعث افزایش سطح قابل دسترسی سطح (SASA) و احتمال برهمکنش می شود. تجزیه و تحلیل S۴۹۴P به عنوان یک جهش مهم RBD ممکن است نظارت مستمر جهش های سنبله را برای کمک به توسعه داروها و واکسن های COVID-۱۹ فراهم کند.

Keywords:

کوید ۱۹ , پروتئین سنبله , S۴۹۴P , داکینگ , شبیه سازی دینامیک مولکولی