بهبود انرژی پیوندی نانوبادی (Nb) برعلیه فاکتور رشد جفتی (PLGF) توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی (MD)

مهندسی آنتی بادی اکنون یک حوزه قابل توجه در بیوداروها است زیرا نسل بعدی آنتی بادی های عرضه شده بهبازار آنتی بادی های مهندسی شده هستند. در مطالعه حاضر، افزایش میل ترکیبی نانوبادی (Nb) برعلیه فاکتور رشدجفتی (PLGF) توسط شبیهسازی دینامیک مولکولی (MD) انجام شد. با استفاده از نرم افزار های بیوانفوماتیکی وdocking جهش هاش مختلف مورد بررسی قرار گرفت و در نهایت، ۴ فرم جهش تک گانه در نانوبادی اولیه(V۰) شامل جهش ۱ . Leu۱۱۲ به (V۱)His ، جهش ۲ . Ser۳۱ به (V۲) Asp ، جهش ۳ . Ala۹۷ به V۳)Lys)،جهش ۴ . Arg۴۵ به V۴)Glu) و ۱ فرم جهش دوگانه جهش ۵ . Ser۳۱ به Asp و Arg۴۵ به V۵)Glu) به منظوربررسی جزییات بیشتر و بررسی میل ترکیبی از طریق محاسبه انرژی پیوند، توسط شبیه سازی های MD مورد تجزیهو تحلیل قرار گرفتند. بیشترین افزایش میل ترکیبی برای جهش Ser۳۱ به Asp در ورینت ۲ (V۲) به دلیل افزایشقابل توجهی در برهمکنش های قطبی و الکترواستاتیکی مشاهده شد. آنالیز ناحیه تماس و پیوند هیدروژنی وهمچنین اندازه گیری فاصله در نانوبادی های جهش یافته و PlGF نیز افزایش میل ترکیبی واریانت های جهش یافتهرا نسبت به شکل بومی تایید کرد.

Keywords:

انرژی پیوندی , نانوبادی (Nb) , فاکتور رشد جفتی (PLGF) , شبیه سازی دینامیک مولکولی (MD)