شیرزاد ایراهیمی - Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Urmia University
امیر فیاض مقدم - Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Urmia University
بابک عبدالهی مندولکانی - Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Urmia University
سمانه علیاری - Department of Plant Biotechnology and Breeding, Faculty of Agriculture, University of Tabriz

چکیده مبسوط مقدمه و هدف: گوجه ­فرنگی (Solanum lycopersicum L.) یکی از مهم­ترین گیاهان زراعی متعلق به خانواده  Solanaceae می ­باشد. گوشتی بودن میوه از صفات مهم موثر در کیفیت میوه گوجه ­فرنگی بوده و توارث کمی دارد. از جمله ژن­های دخیل در گوشتی بودن میوه گوجه فرنگی ژن­های پکتین استراز ۱ (PE۱) و پلی گالاکتوروناز (PG) می­ باشد. با توجه به نقش مهم این ژن­ها در کیفیت میوه گوجه فرنگی، شناسایی چندشکلی­ های تک نوکلئوتیدی (SNPs) در مناطق کد کننده این ژن­ها برای تولید نشانگرهای عملکردی مرتبط با سفتی میوه ضروری می باشد. مواد و روش ­ها: در این مطالعه ۹۶ ژنوتیپ از ۱۲ جمعیت جمع آوری شده از مناطق مختلف استان آذربایجان غربی (ایران) و ترکیه در گلخانه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه کشت شد. برای شناسایی SNPها در ژن های PE۱ و PG، آغازگرهای اختصاصی با استفاده از نرم افزار FastPCR برای تکثیر قطعاتی از مناطق کدکننده این ژن ها در ۹۶ ژنوتیپ گوجه فرنگی طراحی شد. برای هضم قطعات تکثیر شده دو ژن از آنزیم ­های برشی Pst۱ و TruI استفاده شد. با توجه به عدم وجود چندشکلی در الگوهای برشی حاصل از هضم آنزیمی، چهار فرد از جمعیت­های مختلف انتخاب و قطعه تکثیری در این افراد خالص سازی و  توالی یابی شد. بعد از بازیابی قطعه تکثیری هر ژن، شناساییSNPها با استفاده از همردیفی توالی های هر ژن با نرم افزار Clustal Omega انجام گرفت. یافته ­ها: بر اساس نتایج همردیفی، در ژن PE۱ چهار SNP شناسایی شد که ۷۵ درصد آنها از نوع همجنس با فراوانی ۵۰ درصد A/G، ۲۵ درصد  T/C و ۲۵ درصد جهش­ها از نوع نا­همجنس  C/A بود. در ژن PG شش SNP شناسایی شد که ۶۶/۷ درصد آنها از نوع همجنس با فراوانی ۳۳/۳ درصد A/G، ۳/۳۳ درصد  T/C و ۳/۳۲ درصد جهش ­ها از نوع نا­همجنس با فراوانی ۱۶/۱۶ درصد T/A و ۱۶/۱۶ درصد G/C  بود. نتیجه گیری: به طور کلی نتایج مطالعه حاضر نشان داد که میانگین تعداد SNPها در هر ۱۰۰ جفت باز از اگزون ژن های PE۱ و PG به ترتیب ۱/۲۲ و ۰/۴۱ است. همچنین فراوانیSNP ها در ژن PG کمتر از PE۱ بود. تعداد کم SNP های مشاهده شده در اگزون های هر دو ژن نشانگر حفاظت شدگی مناطق کد کننده این ژن ها در طول تکامل گوجه فرنگی می ­باشد. همچنین SNP های شناسایی شده در مطالعه حاضر می ­تواند در برنامه­ های اصلاحی گوجه فرنگی برای معرفی نشانگرهای عملکردی مرتبط با سفتی میوه مورد استفاده قرار گیرد.

Fruit fleshiness, Single nucleotide diversity, Pectin esterase ۱ gene, Polygalacturonase gene, Tomato, تنوع تک نوکلئوتیدی, ژن پکتین استراز ۱, ژن پلی گالاکتوروناز, گوشتی بودن میوه, گوجهفرنگی